Analisis runutan nukleotida gen protein selubung dua strain peanut stripe virus: Nucleotide sequence analysis of coat protein gene from two strains of peanut stripe virus

ABSTRACT Nucleotide sequence analysis of coat protein gene from two biological strains of peanut stripe virus (PStV), severe blotch (PStV-Isb) and stripe (PS:V-1s), has been done to study molecular variation of these strains. Comparison of predicted amino acid sequence of PStV coat protein with other members of bean common mosaic virus (BCMV) subgroup was also carried out to study the taxonomic relationship between PStV and BCMV subgroup. The CP gene from these strains contained 861 nucleotides (nts) and encoded 287 amino acids. There were seven nucleotides of the CP gene and one nucleotide of Nlb cistron that were different between PStV-Is and PStV-lsb. However, only one nucleotide at position 9309 of the CP gene caused differential amino acid residue at position 49 of the coat protein, methionine (M) for PStV-Isb and isoleucine (I) for PStV-Is. Comparison of the amino acid sequences revealed a sequence similarity of 89,9-90,9% of PStV and other BCMV subgroup. These results provide evidence that PStV and other BCMV subgroup are in the same virus with different strain. Key words : peanut stripe virus, coat protein gene, nucleotide sequence INTISARI Analisis runutan nukleotida dan asam amino gen protein selubung PStV dari dua strain peanut stripe virus (PStV) yang menunjukkan gejala stripe (PStV-Is) dan severe blotch (PStV-Isb) telah dilakukan untuk mengetahui perbedaan kedua strain PStV tersebut pada tingkat molekuler. Analisis kesamaan runutan asam amino protein selubung PStV juga dilakukan untuk mengetahui hubungan taksonomi antara PStV dan subkelompok bean common mosaic virus (BCMV). Gen CP dari kedua strain PStV tersebut mempunyai runutan nukleotida 861 nukleotida (nt) yang menyandi 287 asam amino. Terdapat tujuh nukleotida dari gen CP dan satu nukleotida pada sistron NIb yang berbeda antara PStV-Is dan PStV-Isb. Analisis runutan nukleotida dan asam amino menunjukkan hanya satu mutasi pada posisi 9309 dari genom RNA-PStV yang menyebabkan terjadinya perbedaan asam amino pada selubung protein kedua strain PStV. Asam amino yang berbeda terdapat pada posisi ke-49 yaitu isoleusin (I) untuk PStV-Is dan metionin (M) untuk PStV-Isb. Analisis kesamaan runutan asam amino CP antara PStV-Is dan PStV-Isb dengan beberapa spesies virus dalam subkelompok BCMV menunjukkan persentase kesamaan antara 89,9-90,9%. Kesamaan runutan asam amino tersebut menunjukkan bahwa PStV merupakan anggota dari subkelompok BCMV. Kata kunci: peanut stripe virus, gen protein selubung, runutan nukleotid