Improving the accuracy and the efficiency of multiple sequence alignment methods

Sequence alignment is one of the basic methods to compare biological sequences and the cornerstone of a wide range of different analyses. Due to this privileged position at the beginning of many studies its accuracy is of great importance, in fact, each result based on an alignment is depending on the alignment quality. This has been confirmed in several recent papers investigating the effect of alignment methods on phylogenetic reconstruction and the estimation of positive selection. In this thesis, I present several projects dedicated to the problem of developing more accurate multiple sequence alignments and how to evaluate them. I addressed the problem of structural protein alignment evaluation, the accurate structural alignment of RNA sequences and the alignment of large sequence data sets.El alineamiento es uno de los métodos básicos en la comparación de secuencias biológicas, y a menudo el primer pasó en análisis posteriores. Por su posición privilegiada al principio de muchos estudios, la calidad del alineamiento es de gran importancia, de hecho cada resultado basado en un alineamiento depende en gran medida de la calidad de ´este. Este hecho se ha confirmado en diversos artículos recientes, en los cuales se ha investigado los efectos de la elección del método de alineamiento en la reconstrucción filogenética y la estimación de la selección positiva. En esta tesis, presento varios proyectos enfocados en la implementación de mejoras tanto en los métodos de alineamiento múltiple de secuencias como en la evaluación de estos. Concretamente, he tratado problemas como la evaluación de alineamientos estructurales de proteínas, la construcción de alineamientos estructurales y precisos de ARN y también el alineamiento de grandes conjuntos de secuencias