The taxonomy of Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas putida: current status and need for revision

Many studies are devoted to the ecology of Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas putida. Indeed, bacteria belonging to these species could potentially be used for environmental purposes. Some strains are able to improve plant growth and plant health, and consequently could contribute to reduce the use of chemical inputs in agriculture. Others are able to dissimilate nitrates and to degrade xenobiotic compounds. Accurate identification of the bacterial strains tested in these ecological studies is needed. The purpose of this review is to describe the status of the taxonomy of P. fluorescens and P. putida and to present the methods available for speciation. The first works on the taxonomy of P. fluorescens and P. putida were based on phenotypic characters such as metabolic tests, fatty acid composition and protein profiles. These studies led to the subdivision of P. fluorescens and P. putida into 5 and 2 biovars, respectively. From these phenotypic characters, two dichotomous keys were proposed to differentiate quickly strains belonging to P. fluorescens and P. putida. The subdivision of these species into biovars indicates that identification based on phenotypic characters is not fully satisfactory. Further work has focused on genotypic characters based on the variability of consensus genes (rDNA) or of the total genome (DNA-DNA hybridization). Collectively, results from taxonomic studies of P. fluorescens and P. putida show that the present delineation of these two species is obsolete and that they should be divided in many nomenspecies. Further research, combining both recent phenotypic and genotypic methods, is required to clarify the taxonomy of P. fluorescens and P. putida.Situation actuelle et limites de la taxonomie des Pseudomonas fluorescens et Pseudomonas putida . De nombreuses études sont dédiées à l'écologie des Pseudomonas fluorescens et des Pseudomonas putida. Les bactéries appartenant à ces espèces présentent en effet un intérêt potentiel pour l'environnement. Certaines améliorent la croissance et la santé des plantes, et contribuent donc à réduire l'utilisation d'intrants de synthèse en agriculture. D'autres sont capables de réduire les oxydes d'azote et de dégrader les composés xénobiotiques. L'identification précise des souches bactériennes utilisées lors de ces études d'écologie est nécessaire. L'objectif de cette synthèse bibliographique est de décrire l'état de la taxonomie de P. fluorescens et P. putida et de présenter les méthodes permettant la discrimination de ces deux espèces. Les premiers travaux relatifs à la taxonomie de P. fluorescens et de P. putida étaient basés sur la caractérisation phénotypique des bactéries (tests métaboliques, composition des acides gras, profils protéiques). Ces études ont abouti à la subdivision de P. fluorescens et P. putida en respectivement 5 et 2 biovars. La subdivision de ces deux espèces en biovars révèle les limites de l'identification basée sur des caractères phénotypiques. Des travaux complémentaires ont donc pris en compte certains caractères génotypiques tels que la variabilité de gènes conservés (ADNr) et l'ensemble du génome (hydridation ADN-ADN). L'ensemble des travaux conduits sur la taxonomie de P. fluorescens et de P. putida montre que la définition de ces deux espèces est obsolète et qu'elles devraient être divisées en plusieurs nomenspecies. La clarification de la taxonomie de P. fluorescens et de P. putida requiert des recherches complémentaires qui associent des méthodes phénotypiques récentes, et génotypiques