Proteome analysis in laryngeal squamous cell carcinoma

Orientador: Carmen Silvia BertuzzoTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências MédicasResumo: O câncer de laringe representa cerca de 25% dos tumores malignos que acometem essa área e 2% de todas as doenças malignas. Ocorre em sua grande maioria em homens e é um dos mais comuns entre os tumores que atingem a região da cabeça e pescoço. Pode ocorrer em uma das três porções em que se divide o órgão: supraglote, glote e subglote, sendo que aproximadamente 2/3 dos tumores surgem na corda vocal verdadeira, localizada na glote, e 1/3 acomete a supraglote que se localiza acima das cordas vocais. O tipo histológico mais comum e que atinge mais de 90% dos pacientes, é o carcinoma de células escamosas (CEC) e é classificado de acordo com o grau de diferenciação celular. Estudos de expressão gênica têm sido realizados em vários tumores a fim de possibilitar o envolvimento de algumas proteínas na evolução tumoral, bem como determinar marcadores de gravidade. O objetivo deste trabalho foi estudar o contexto proteômico em células tumorais, displásicas e normais de pacientes com de CEC de laringe. Para isso após a coleta do material, foi realizada a confirmação histológica através de lâminas coradas com Hematoxilina-Eosina. A partir daí as células foram selecionadas e capturadas no Microdissecador a Laser da Zeiss. Em seguida foi realizada a análise proteômica, utilizando o espectrômetro de massas LTQ Velos Orbitrap ETD acoplado ao cromatografo líquido nLCII ambos da Thermo. Os arquivos foram carregados no programa R para as análises subsequentes. Utilizando o pacote MSnbase foi feita a identificação e quantificação das proteínas e a identificação utilizou o arquivo uniprot_sprot.fasta, o método escolhido para quantificação foi o "SIn". Foi aplicado o teste-t pareado e como resultado final foram selecionadas as proteínas que possuíam p-valor menor que 0,01. Foram gerados clusters hierárquicos para demonstrar as proteínas hiper e hipoexpressas para cada grupo estudado. Sendo que após análise, encontramos como possíveis candidatas a marcadores biológicos do CEC de laringe as proteínas codificadas pelos genes TYMP, TNC, RPLP1, MPO, ARHGEF1, QARS, SERPINC1, ATP5A1, AHNAK e para a displasia de laringe as proteínas codificadas pelos gene ZNF544, PP2D1, VCP, RAB12, ETFA, ZNF655, TUT1, XKRX, NOP58, INTS8, SARS, DKC1, ZNF470, SND1, LAS2. Este trabalho é inédito já que buscou comparar as proteínas presentes nos tecidos tumoral, displásico e normal usando a microdissecção a laser, que permite que sejam selecionadas apenas grupos celulares de interesse, evitando a contaminação de outros grupos celularesAbstract: Laryngeal cancer represents about 25% of malignant tumors that affect this area and 2% of all malignancies. It occurs mostly in men and is the most common among tumors that affect the region of the head and neck. It can occur in one of three parts which divides the laryngeal: supraglottis, glottis and subglottis, and approximately 2/3 of the tumors arise in the true vocal cord, located in the glottis and 1/3 involve the supraglottic which is located above the vocal chords. The most common histological type and achieves more than 90% of patients, is the squamous cell carcinoma (SCC). The SCC is classified according to the degree of cell differentiation. Gene expression studies have been conducted in various tumors to allow some of the proteins involved in tumor development as well as to determine severity markers. The objective of the present study was verify the proteomic context in tumor, dysplastic and normal cells in patients with laryngeal SCC. After to collect the sample, the cancer confirmation was made by histological confirmation using slides stained with hematoxylin-eosin. There after the cells were selected and captured in Zeiss Laser Mircodissection. Then carried the proteomic analysis using the LTQ Velos mass spectrometer Orbitrap ETD liquid chromatograph coupled to nLCII both from Thermo. The files were uploaded to the R program for subsequent analysis. Using MSnbase package the identification and quantification of proteins was made and used to identify the uniprot_sprot.fasta file, the method chosen for the measurement was the "Sln" .It was applied the paired t-test and the final result proteins were selected that had p