Comparison between bacterial isolation and PCR for detection of Streptococcus suis type 2 in swine tonsils at slaughter in Santa Catarina

Streptococcus suis is a important pathogen associated to many production and economical losses in the swine industry, in addition to its zoonotic importance. The aims of this study was evaluate the occurrence of Streptococcus suis type 2 in tonsil samples of healthy pigs at slaughter, comparing the bacterial isolation with PCR assay and to determine the presence of the EF factor (extracellular protein factor). Tonsil samples from 302 slaughtered pigs were collected from three abattoir. Isolation of S. suis was made in Columbia Blood Agar Base, and then bacterial phenotypic characterization was made using biochemical assays. The typification genus and species of the isolates was performed with the PCR technique for confirmation, and the presence of the capsular gene (type 2). In the comparison between the techniques, PCR was made directly from the tonsil samples for the 16SrRNA gene (S. suis), capsular genes (type 2) and also the ef gene. The pathogen was detected in 100% of the samples with the PCR, whereas only 84.1% were positive on the isolation technique. Upon confirmation of the S. suis isolates, four of them were negative to the 16S rRNA gene. PCR demonstrated higher sensibility on detecting the type 2 S. Suis, having 89.7% of positive samples against 88% from the isolates. The ef gene was detected in 28.4% of the samples, three of them being detected as the ef variant. Significant difference was found between the PCR and bacterial isolation for S. suis, detection demons that the molecular assay has a higher detection capability than isolationStreptococcus suis é um patógeno responsável por muitas perdas produtivas e econômicas à suinocultura, além da importância zoonótica. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de Streptococcus suis tipo 2 a partir de tonsilas de suínos sadios no abate, comparando a técnica de isolamento bacteriano com a PCR e determinar a presença do fator protéico extracelular (EF). Foram coletadas tonsilas de 302 suínos provenientes de três frigoríficos, o isolamento foi realizado em Agar Sangue Columbia, após foi realizada a caracterização fenotípica. Esses isolados foram tipificados através da PCR para confirmação do gênero e da espécie, além da presença do gene capsular (tipo 2). Na comparação das técnicas foi realizado PCR diretamente das tonsilas para o gene 16S rRNA (S. suis), capsular (tipo 2) e também foi realizada pesquisa do gene ef (EF). Utilizando PCR diretamente das tonsilas, S. suis foi detectado em 100% das amostras, diferindo do isolamento em que 84,1% das amostras foram positivas. Na confirmação dos isolados sugestivos de S. suis, quatro deles foram negativos na PCR para o gene 16S rRNA. Na comparação para o tipo 2 a PCR demonstrou maior sensibilidade, detectando em 89,7% das tonsilas superando o isolamento, que detectou em 88% dos isolados. O gene ef foi detectado em 28,4% das amostras, sendo que em três amostras foi detectado o ef variante. Houve diferença significativa entre a PCR e o isolamento bacteriano para S. suis, demonstrando que a técnica molecular tem uma maior capacidade de detecção do que o isolament