Estrutura de população e caracterização filogenética de isolados de Xanthomonas campestris pv. campestris do Estado de Pernambuco

A podridão negra, causada pela bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris, tem causado grandes perdas aos cultivos de brássicas no estado de Pernambuco, Brasil. Portanto, é de extrema importância obter conhecimentos sobre a diversidade genética e estrutura de população do patógeno que forneçam dados relevantes para direcionar as estratégias de controle da podridão negra em brássicas, principalmente o desenvolvimento e uso de cultivares resistentes ao patógeno. O presente estudo teve como objetivos: a) analisar a estrutura genética de populações de 159 isolados de Xanthomonas campestris pv. campestris do estado de Pernambuco, utilizando perfis genômicos de BOX-PCR; b) inferir relações filogenéticas entre isolados de X. campestris pv. campestris do estado de Pernambuco e outros patovares da espécie (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) através de seis genes housekeeping (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA) utilizando a técnica MLSA. Os 159 isolados de brássicas (brócolis, couve-comum, couve-flor e repolho) foram obtidos dos principais municípios produtores no estado de Pernambuco. A genotipagem através de BOX-PCR revelou uma alta variabilidade de X. campestris pv. campestris. Análises de populações revelaram uma alta riqueza de haplótipos e diversidade genética dessa bactéria. Foi possível observar a migração desses haplótipos entre municípios. Houve forte indício de acasalamento aleatório e, consequentemente, alta capacidade recombinogênica dessa espécie. Não foi possível observar a estrutura das populações para municípios ou hospedeiros. Também não existiu diferenciação genética entre as populações e a análise de variância molecular (AMOVA) demonstrou que grande parte da variação ocorreu dentro das subpopulações. As análises MLSA demonstraram uma alta diversidade para os isolados de X. campestris pv. campestris revelando dois grupos desse patovar, o estreito relacionamento do mesmo com o patovar aberrans, e a distinção do patovar campestris dos patovares raphani, barbareae e incanae.The black rot (Xanthomonas campestris pv. campestris) has caused great losses on brassica crops in the state of Pernambuco, Brazil. The knowledge of genetic diversity of this pathogen, population structure and pathogenic variability in the producing areas are very important because it will support disease control strategies, mainly the development and use of resistant cultivars. The objectives of the present study were: a) to analyze the genetic structure of populations of 159 isolates of Xanthomonas campestris pv. campestris from the state of Pernambuco, through genomic profiles of BOX-PCR; b) to infer phylogenetic relationship among these isolates and other X. campestris pathovars (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) using the MLSA technique with six housekeep genes (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA). The 159 isolates of brassica (broccoli, cabbage-leaf, cauliflower and cabbage) were obtained from the main producing cities of Pernambuco. Through the genotyping of BOX-PCR showed a high variability of X. campestris pv. campestris. Population analysis revealed a high richness of haplotypes and genetic diversity of this bacteria. It was possible to observe the migration of these haplotypes between cities. There were strong indications of random mating and therefore high recombinogenic capacity in this species. It was not observed the structure of populations related to cities or hosts. Also have not existed genetic differentiation among populations and the analysis of molecular variance (AMOVA) showed that most of the variation was within subpopulations. The MLSA analysis demonstrated a high diversity in X. campestris pv. campestris isolates revealing two groups in this patovar, its close relationship with patovar aberrans, and its distinction from pathovars raphani, barbareae and incanae