Distribution and Diversity of Local Strains of Rice Yellow Mottle Virus in Tanzania

Rice ( Oryza sativa ) is a key staple in Tanzania but its productivity is affected by disease infestation, primary among which is the rice yellow mottle virus (RYMV). Tanzania possesses high RYMV densities and several locations including the Eastern Arc Mountains provide suitable habitat fragmentation that facilitates the diversification process of the virus. However, the distribution pattern and diversity of the local strains of RYMV remain largely unknown and this hinders progress in designing interventions. Efforts were, therefore, made to study the pattern and distribution of RYMV. Collection of isolates was made in May; recovery of virus on a susceptible elite line viz. TXD 220-1-3-3-1 was in June-July and molecular analysis was done in September-December 2005. The sequences of the coat protein (CP) gene of 23 isolates, representative of the three strains of RYMV found in Tanzania, were selected from 52 isolates collected from three regions. The phylogenetic analyses of the CP sequences revealed high (14.8%) nucleotide divergence between strains. Strain S6 was the most divergent with an intra- strain nucleotide divergence of 8.8%; this was consistent with its wide distribution in the region and particularly the eastern part of the Tanzania. Isolates of strains S4 were recorded for the first time in the eastern Arc Mountain region. These formed a monophyletic group with the Lake Malawi strain S4 sub-lineage (percentage identity of 95.4 to 96.8%) and differed from the Lake Victoria strain S4 sub-lineage by 4.5%. Coexistence within the same field of S4, S5 and S6 isolates was observed in the eastern Arc Mountains region. Strong competition between strains of RYMV was suspected from the limited distribution and rarity of strain S5. This study confirm speculations that the Eastern Arc Mountain region is the centre of origin of RYMV. Thus, the high viral load in the Eastern Arc Mountain imply that it is a suitable location for strategic studies aimed at designing control interventions against RYMV.Le riz ( Oryza sativa ) est un aliment de base en Tanzanie, mais sa productivité est significativement entamée par l'infestation des maladies, parmi laquelle est le virus jaune marbre de riz (RYMV). La Tanzanie possède les hautes densités de RYMV et plusieurs endroits y compris les Montagnes d'Arc d'Est fournissent de pochettes d'habitat qui facilite le processus de diversification du virus. Cependant, le modèle de distribution et la diversité des variétés locales de RYMV restent principalement inconnus et ceci freine le progrès dans la conception des interventions. Les efforts étaient, donc faits d'étudier la tendance et la distribution de RYMV. La collection des isolées a été faite au mois de mai ; i.e le rétablissement de virus sur une ligne d'élite susceptible. TXD 220-1-3-31 était fait au mois entre juin et juillet et l'analyse moléculaire a été faite entre septembre et décembre 2005. Les séquences de la protéine de manteau (PC) gênes de 23 isolées, été choisi de 52 isolées collectionnées dans trois régions. L'analyse phylogénétique des séquences de PC a révélé une grande (14.8%) divergence de nucléotides entre les variétés. S6 était la plus divergente avec une intra - divergence de nucléotide de 8,8% ; ceci était conforme à sa large distribution dans la région et notamment la partie Est de la Tanzanie. Les Isolées de S4 ont été identifiées pour la première fois dans la région de Montagne d'Arc d'Est. Cela a formé un groupe de monophylétique avec le sous lignage de S4 du lac Malawi (l'identité de pourcentage de 95,4 à 96,8%) et a différé du sous lignage de S4 du lac Victoria par 4,5%. La coexistence dans le même champ de S4, S5 et S6 a été observé dans la région de Montagnes d'Arc d'Est. La forte compétition entre les variantes de RYMV a été soupçonnée de par la distribution limitée de S5. Cette étude confirme des spéculations que la région de Montagne d'Arc d'est est le centre d'origine de RYMV. Ainsi, le haut chargement viral dans la Montagne d'Arc de l'Est implique que c'est un emplacement convenable pour les études stratégiques visées à concevoir d'interventions de contrôle contre RYMV