Caracterització morfològica i molecular d'Alternaria causant de motejat en poma

The European Union is currently the second global producing region in world apple production, a pome fruit crop with high economical value. For this reason, concern has risen due to the different factors that can affect the crop and its production, being the leaf blotch and fruit spot disease, caused by different species of the fungus Alternaria, one of the most worrying threats. The disease causes the necrosis of the infected tissues and can cause an early defoliation of the tree, as well as a reduction in fruit quality and yield, and it can accumulate a low productivity in future seasons. The aim of this study was to identify the different Alternaria species affecting apple orchards in Catalonia, by combining different morphological and molecular study techniques. A collection of 31 Alternaria strains has been used as starting point, obtained from symptomatic apple leaves and fruits. Regarding the morphological study, fungal colonies have been described and characterised, together with the corresponding reproductive structures. Regarding the molecular study, DNA from fungal strains has been extracted and two nuclear genes have been sequenced (endopolygalacturonase [endoPG] and Alternaria major allergen a1 Alta1). Subsequently, phylogenetic analyses have been carried out, by means of Bayesian inference, to determine the phylogenetic relations between the studied strains and their potential identification. The results obtained in this study have not allowed to find consistent concordances between the morphologic and molecular identifications. In view of the results, it has been considered necessary to delve further into the studies of this genus; the number of analysed regions of the genome should be increased, as well as the number of Alternaria strains to be studied. Hence, the resolution of the phylogenetic analyses would be improved and a better knowledge about the fungi causing the leaf blotch and fruit spot disease could be achieved.Actualmente, la Unión Europea es la segunda potencia mundial en producción de manzano, un cultivo de fruta dulce económicamente muy importante. Por esta razón, ha aumentado la preocupación por los diferentes factores que pueden afectar al cultivo y su producción. Entre ellos se encuentra la enfermedad de la mancha foliar y el moteado del fruto, causada por diferentes especies del hongo Alternaria. Esta enfermedad provoca la necrosis de los tejidos infectados y puede causar la defoliación prematura del árbol, así como reducir la calidad del fruto y la cosecha, acumulando así una baja productividad en temporadas futuras. El objetivo de este trabajo ha sido el de combinar técnicas de estudio morfológicas y moleculares para intentar identificar las especies de Alternaria que afectan al manzano en Cataluña. Se ha partido de una colección de 31 cepas de Alternaria obtenidas de hojas y frutos de manzano con síntomas. En cuanto al estudio morfológico, se han descrito y caracterizado las colonias fúngicas, así como las correspondientes estructuras reproductivas. En cuanto al estudio molecular, se han realizado extracciones de ADN del micelio de las colonias y se han secuenciado dos genes nucleares (el de la endopoligalacturonasa [endoPG] y el del alergógeno a1 [Alta1]). Posteriormente, se han realizado análisis filogenéticos entre las cepas estudiadas, mediante inferencia bayesiana, para determinar su potencial identificación. Los resultados obtenidos en el trabajo no han permitido encontrar concordancias sólidas entre la clasificación morfológica y la clasificación molecular. A la vista de los resultados, se ha considerado que hay que profundizar más en los estudios de este género; hay que incrementar el número de regiones del genoma a analizar, así como el número de cepas de Alternaria a estudiar. Todo ello para mejorar la resolución de los análisis filogenéticos y tener así un mejor conocimiento sobre los hongos causantes de la mancha foliar y el moteado del fruto.Actualment, la Unió Europea és la segona potència mundial en producció de pomera, un cultiu de fruita dolça econòmicament molt important. Per aquesta raó, ha augmentat la preocupació pels diferents factors que poden afectar al cultiu i la seva producció. Entre ells s’hi troba la malaltia de la taca foliar i el motejat del fruit, causada per diferents espècies del fong Alternaria. La malaltia provoca la necrosi dels teixits infectats i pot causar la defoliació prematura de l’arbre, així com reduir la qualitat del fruit i la collita, tot acumulant una baixa productivitat en temporades futures. L’objectiu d’aquest treball ha estat el de combinar tècniques d’estudi morfològiques i moleculars per intentar identificar les espècies d’Alternaria que afecten les pomeres del territori català. S’ha partit d’una col·lecció de 31 soques d’Alternaria obtingudes de fulles i fruits de pomera amb símptomes. Quant a l’estudi morfològic, s’han descrit i caracteritzat les colònies fúngiques, així com les corresponents estructures reproductives. Quant a l’estudi molecular, s’han realitzat extraccions d’ADN del miceli de les colònies i s’han seqüenciat dos gens nuclears (el de l’endopoligalacturonasa [endoPG] i el de l’al·lergogen a1 [Alta1]). Posteriorment, s’han realitzat anàlisis filogenètiques, mitjançant inferència Bayesiana, per a determinar-ne les relacions filogenètiques entre les soques estudiades i la seva potencial identificació. Els resultats obtinguts en el treball no han permès trobar concordances sòlides entre la classificació morfològica i la classificació molecular. En vista dels resultats, s’ha considerat que cal aprofundir més en els estudis d’aquest gènere; cal incrementar el nombre de les regions del genoma a analitzar, així com el nombre de soques d’Alternaria a estudiar. Tot plegat, per a millorar la resolució de les anàlisis filogenètiques i tenir així un millor coneixement sobre els fongs causants de la taca foliar i el motejat del fruit