Evolutionary relationships between Saccharomyces cerevisiae and other fungal species as determined from genome comparisons

The increasing number of fungal genomes whose sequence has been completed permits their comparison both at the nucleotide and protein levels. The informa- tion thus obtained improves our knowledge on evolutionary relationships betwe- en fungi. Comparison of the Saccharomyces cerevisiae genome with other Hemiascomycetes genomes confirms that a whole-genome duplication occurred before the diversification between Candida glabrata and the Saccharomyces sensu stricto species and after separation from the branch leading to the other Hemiascomycetes. Duplication was followed by individual gene losses and re- arrangements affecting extensive DNA regions. Although S. cerevisiae and C. glabrata are two closely related yeast species at an evolutionary scale, their different habitats and life styles correlate with specific gene differences and with more extensive gene loses having occurred in the parasitic C. glabrata. At a clo- ser evolutive scale, diversification among the sensu stricto species began with nucleotide changes at the intergenic regions affecting sequences that are not relevant for gene regulation, together with more extensive genome rearrange- ments involving transposons and telomeric regions. One important characteristic of fungal genomes that is shared with other eukaryotes is the fusion of gene sequences coding for separate protein modules into a single open reading frame. This allows diversification of protein functions while saving gene information.El creciente número de genomas fúngicos cuya secuencia se ha completado permite su comparación tanto a nivel de nucleótidos como de la proteína. La información obtenida de este modo mejora nuestro conocimiento sobre las rela- ciones evolutivas entre hongos. La comparación del genoma de Saccharomyces cerevisiae con el de otros Hemiascomicetes confirma que tuvo lugar una duplica- ción del genoma entero en un antecesor antes de la diversificación entre Candida glabrata y las especies Saccharomyces sensu stricto, y después de la separación respecto de la rama que condujo a otros Hemiascomicetes. La dupli- cación vino seguida de pérdidas de genes individuales así como de reordenacio- nes más extensas del DNA. Aunque S. cerevisiae y C. glabrata son dos especies de levaduras relativamente próximas a una escala evolutiva, sus dife- rentes hábitats y estilos de vida se correlacionan con diferencias genéticas espe- cíficas y con la existencia de pérdidas más numerosas de genes en la especie parásita C. glabrata. A una escala evolutiva más próxima, la diversificación entre las especies del grupo sensu stricto empezó con cambios nucleotídicos en las regiones intergénicas que afectarían secuencias no relevantes para la regulación génica, junto con reordenaciones más extensas que implicarían transposones y regiones teloméricas. Una característica importante de los genomas fúngicos que ocurre también en otros eucariotas es la fusión de secuencias génicas que codifican módulos proteicos individuales en una única pauta de lectura. Ello per- mite la diversificación de las funciones proteicas al mismo tiempo que se ahorra información genétic