Keragaman Genetik DNA Mitokondria (mtDNA) pada Beberapa Sapi Lokal Indonesia

Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis tingkat keragaman dan kekerabatan beberapa rumpun sapi lokal Indonesia berdasarkan keragaman DNA mitokondria, khususnya pada daerah Cytochrome oxidase sub unit I (COI) dan Cytochrome b (CYTB). Susunan basa primer CYTB yakni F: 5’ CTC CAT CAA CAA GCC AGT A 3’ dan R: 5’ TGA GGA CAA ATA TCA TTC TGA GGA G 3’. Primer COI yakni F: 5’ TTC TCA ACC AAC CAT AAA GAT ATT GG 3’ dan R: 5’ TAG ACT TCG GGG TGT CCA AAG AAT CA 3’. Materi penelitian yang digunakan yakni sapi Peranakan Ongole (PO), Sumba Ongole (SO), Madura, Bali, Pasundan dan Pesisir masing-masing sebanyak 12 ekor. Suhu annealing yang digunakan untuk CYTB yakni 540C dan suhu annealing pada COI yakni 52,10C. Sekuen COI dan CYTB dianalisis menggunakan MEGA 7.0 software dengan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) 1000 kali pengulangan berdasarkan - between group untuk merekonstruksi pohon filogeni. Sapi Pasundan memiliki tingkat keragaman genetik yang tinggi yakni 11 haplotype dan sapi SO memiliki tingkat keragaman yang rendah yakni 4 haplotype CYTB. Tingkat keragaman menggunakan COI menunjukkan bahwa sapi PO tergolong tinggi dengan 12 haplotype dan sapi SO tergolong rendah dengan 4 haplotype. Hubungan kekerabatan antara keenam rumpun sapi menggunakan mtDNA CYTB menunjukkan nilai jarak genetik sapi Pasundan dengan sapi Madura 28,42, sapi Pesisir dengan sapi PO 29,99 dan sapi Bali dengan sapi SO 30,40. Hubungan kekerabatan antara keenam rumpun sapi menggunakan mtDNA COI menunjukkan nilai jarak genetik sapi Pesisir dengan sapi SO 3,312, sapi Madura dengan sapi SO 3,951, sapi Pasundan dengan sapi Madura 4,428 dan sapi Bali dengan sapi PO 4,655