Analisis Filogenetik Gen Caga Helicobacter Pylori Isolat Lombok Dan Hubungannya Dengan Kondisi Patologi Lambung

Infeksi Helicobacter pylori merupakan penyebab terpenting penyakit dispepsia, yang dapat berupa gastritis kronik, ulkus lambung, ulkus duodenum dan kanker lambung. Bakteri H. pylori menunjukkan diversitas genetik yang paling tinggi dibandingkan dengan kuman lain. Keragaman tersebut mencakup pula gen penyandi protein yang menjadi faktor virulensi paling utama H. pylori, yaitu protein CagA (cytotoxin-associated antigen). Dengan mempelajari keragaman genotipe cagA H. pylori isolat Lombok, diharapkan dapat diperoleh informasi sebagai bahan untuk memproduksi kit diagnostik dan bahan vaksin H. pylori di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi daerah genom cagA H. pylori isolat Lombok dan menentukan genotipe berdasarkan motif EPIYA cagA serta mengetahui hubungannya dengan kondisi patologi lambung. Sebanyak 36 isolat H. pylori dari penderita penyakit lambung, 12 gastritis, 11 ulkus duodenum/lambung dan 10 kanker lambung dilakukan pemeriksaan PCR cagA dengan menggunakan primer EPY1 5` ATG GAA CCC TAG TCG GTA ATG G dan EPY2 5` TGT GGC TGT TAG TAG CGT AAT T yang mengamplifikasi daerah 3` yang mengandung sekuen repetitif EPIYA dari gen cagA. Reaksi amplifikasi dilakukan pada mesin iCycler (Biorad, USA). Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan kit FastStart (Roche, Germany) pada kondisi amplifikasi 94 oC 1 menit denaturasi, 55 oC 1 menit annealing dan 72 oC 1 menit ektensi, sebanyak 34 siklus. Produk amplifikasi dianalisis menggunakan elektroforesis pada 2 % gel agarosa dengan pengecatan ethidium bromida dan transiluminasi UV, serta disimpan menggunakan perangkat GelDoc (Biorad). DNA cagA yang diperoleh selanjutnya disekuensing yang dikerjakan secara alih daya di 1st BASE Malaysia. Berdasarkan hasil sekuensing kemudian dilakukan analisis homologi menggunakan software Bioedit dan MEGAv6. Pohon filogeni dibangun menggunakan algoritma maximum likelihood. Prediksi model protein dibuat dengan program online ExPASy. Berdasarkan hasil analisis filogenetik cagA H. pylori isolat Lombok sebanyak 92,7 % membentuk klaster tersendiri dan terpisah dari strain pembanding dari negara tetangga yang termasuk genotipe East Asian. Deduksi asam amino dari sekuen cagA menunjukkan H. pylori isolat Lombok termasuk strain East Asian dengan motif EPIYA tipe ABD namun dengan subtitusi unik yaitu EPIYA-B berubah menjadi EPIYT (AT). Pada penelitian ini meskipun tidak ditemukan sekuen spesifik yang berkaitan dengan kondisi patologi lambung, namun karena EPIYA-D diketahui lebih kuat mengikat SHP2, maka H. pylori strain Lombok termasuk faktor risiko tinggi terjadinya ulkus dan kanker lambung