Analisis Keragaman Genetik Cabai Rawit (Capsicum Frutescens L.) Lokal Malang Berdasarkan Marka Pun1 Dan Rapd

Cabai rawit (Capsicum frutescens L.) merupakan tanaman hortikultur unggulan di Indonesia. Tanaman cabai memiliki beragam varietas dengan nama lokal yang sama dan morfologi yang bervariasi sehingga diperlukan analisis keragaman genetik secara molekuler. Analisis keragaman genetik cabai rawit lokal Malang dilakukan berdasarkan gen Pun1 dan marka Random Amplified polymorphic DNA (RAPD). Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui keragaman cabai rawit (Capsicum frutescens L.) lokal Malang berdasarkan sekuen gen Pun1 dan marka molekuler RAPD. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini yaitu 6 genotipe (G1, G2, G3, G4, G5, dan G6) cabai rawit. DNA dari sampel daun cabai rawit diisolasi menggunakan metode CTAB, selanjutnya dilakukan amplifikasi gen Pun1 dan RAPD. Analisis RAPD dilakukan dengan software NTSys ver 2.2. Primer Pun1 yang digunakan dalam penelitian ini tidak berhasil menghasilkan amplikon yang cukup untuk tahapan sekuensing. Berdasarkan marka molekuler RAPD dihasilkan pita polimorfik total 106 yaitu OPA01(22), OPA02 (27), OPA07 (21), OPA18 (17), dan OPA19 (19). Cabai rawit genotipe G5 dan G6 memiliki tingkat kesamaan yang tinggi yang menunjukkan bahwa kedua genotipe tersebut berkerabat dekat, demikian juga genotipe G1 dan G3. Cabai rawit genotipe G2 dan G4 mempunyai nilai similaritas yang lebih kecil terhadap kelompok G1+G3 ataupun G5+G6, sehingga diasumsikan merupakan varietas yang berbed