Identifikasi Synaptula (Echinodermata : Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI

Salah satu megabiodiversitas laut berada di kepulauan Raja Ampat. Identifikasi spesies yang terdapat di perairan Raja Ampat perlu dilakukan untuk mendapatkan data mengenai biodiversitas perairan Raja Ampat. Timun laut atau teripang merupakan salah satu organisme yang menghuni perairan Raja Ampat.Timun laut merupakan organisme yang memiliki struktur morfologi yang sulit untuk menentukan taksanya, karena timun laut merupakan cryptic species. Salah satu organisme timun laut yang merupakan spesies cryptic adalah Synaptula. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Synaptula yang dikoleksi dari perairan Raja Ampat menggunakan metode molekuler dengan marker gen COI. Peneliti mengidentifikasi Synaptula dengan alasan spesiemen tersebut masih teridentifikasi sampai tingkat genus. Metode identifikasi secara molekuler yang digunakan DNA barcoding, dengan tahapan, isolasi DNA, PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian yang telah dilakukan menunjukkan bahwa Synaptula dari Raja Ampat (UNP 101) memiliki kemiripan yang tinggi dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina. Jarak genetic Synaptula UNP 101 dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina adalah 1.3% dan nilai similaritas adalah 98.7%, sedangkan jika dibandingkan antara Synaptula UNP 101 dari Raja Ampat dengan Synaptula reciprocans jarak genetik sebesar 76.8% dan nilai similaritas sebesar 23.6%. Perbedaan hasil identifikasi berdasar karakter morfologi dan molekuler (berdasar sekuen gen COI) kemungkinan disebabkan oleh kontaminasi DNA template Synaptula oleh DNA template Plakobranchus UNP 67 dikarenaka