Identifikasi Polimorfisme Gen CAPN1 (Calcium Activated Neutral Protease 1) pada Sapi Madura Menggunakan Teknik PCR-RFLP

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adanya polimorfisme gen CAPN1 pada sapi Madura. Sepuluh sampel darah diambil dari sepuluh ekor sapi Madura. DNA diisolasi dari darah dengan metode salting out . DNA hasil isolasi diuji secara kualitatif dan kuantitatif menggunakan elektroforesis gel agarosa 1% dan spektrofotometri pada 260 dan 280 nm. Gen CAPN1 diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer ( Forward 5’-TCTCTGGTTTCTGAGGGTGG-3’ dan Reverse 5’-GGCATAGAGAGCAGTCAGCC-3’). Hasil amplifikasi menunjukkan adanya satu fragmen DNA dengan ukuran ± 200 bp pada kesepuluh sampel. Selanjutnya hasil amplifikasi dipotong menggunakan tiga macam enzim restriksi yaitu Pst I, Eco RI dan Hae III. DNA hasil PCR-RFLP dielektroforesis menggunakan gel agarosa 2%. Analisis polimorfisme dilakukan dengan mengamati profil pita DNA hasil PCRRFLP secara deskriptif. Hasil PCR-RFLP menggunakan enzim Eco RI dan Pst I tidak dapat memotong fragmen DNA hasil PCR, sedangkan enzim Hae III menghasilkan satu macam haplotip dengan dua fragmen DNA pada ukuran ± 100 bp dan ± 50 bp. Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat disimpulkan bahwa tidak ada polimorfisme pada fragmen gen CAPN1 hasil amplifikasi