Aplikasi Polymerase Chain Reaction Untuk Sistem Deteksi Cepat Salmonella enterica serotipe Typhimurium Pada Karkas Ayam

Karkas ayam merupakan komoditas bernutrisi tinggi yang banyak dikonsumsi di Indonesia. Akan tetapi karkas ayam juga merupakan media yang baik bagi pertumbuhan mikroba, termasuk bakteri patogen seperti Salmonella sp., utamanya Salmonella Typhimurium, yang berbahaya sehingga harus dideteksi dengan cepat dan tepat agar dapat dilakukan penanganan yang sesuai. Disisi lain, sistem deteksi Salmonella di Indonesia masih banyak menggunakan metode konvensional yang memiliki banyak kelemahan, diantaranya adalah membutuhkan waktu yang lama, kurang akurat, dan memiliki tingkat kesalahan cukup besar. Untuk itu diperlukan suatu sistem deteksi Salmonella berbasis molekuler yang lebih cepat, akurat, dan sederhana, demi mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian dilakukan menggunakan metode penelitian deskriptif dengan sampel berupa 30 potong karkas ayam broiler segar yang diambil dari 10 pasar tradisional di wilayah Surabaya Timur. Sampel tersebut diuji dengan 4 buah metode deteksi, dua diantaranya merupakan metode deteksi pembanding standar, yakni metode konvensional dan metode scrub, dan dua lainnya merupakan metode deteksi yang dikembangkan dan diteliti, yakni metode molekuler pra-inkubasi dan paska-inkubasi. Metode konvensional terdiri dari tahap pre-enrichment, selective enrichment, selective plating, pemilihan koloni, pewarnaan Gram, uji biokimiawi, dan uji serologi. Metode scrub, pra-inkubasi, dan paska-inkubasi dilakukan secara molekuler menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Sampel metode scrub diambil dari seluruh koloni bakteri yang tumbuh di media hasil plating, sedangkan sampel metode pra-inkubasi didapat dari hasil pembilasan sampel dengan media pepton, dan metode paska-inkubasi didapat dari hasil inkubasi sampel dalam media pepton pada suhu 37oC selama 20-24 jam. Selanjutnya dilakukan ekstraksi DNA dengan metode boiling. DNA sampel yang didapat dilakukan preparasi DNA berupa penyetaraan konsentrasi DNA dan pencampuran seluruh substansi PCR, termasuk primer S139-S141 dan primer fim1A - fim2A. Amplifikasi DNA dilakukan dengan metode PCR menggunakan mesin PCR thermocycler dan hasilnya dianalisa menggunakan elektroforesis agarosa. Hasil deteksi dibandingkan dan dipilih metode deteksi yang memiliki hasil deteksi terbaik diantara seluruh metode yang digunakan. Dari analisa terhadap hasil penelitian yang dilakukan, diketahui bahwa metode pra-inkubasi merupakan sistem deteksi Salmonella yang mampu mendeteksi lebih cepat, akurat, dan sederhana dibandingkan dengan sistem deteksi Salmonella lain yang digunakan dalam penelitian ini, yaitu metode konvensional, metode molekuler scrub, dan metode paska-inkubasi. Namun untuk mendapatkan hasil deteksi yang baik dari metode pra-inkubasi ini, diperlukan adanya penyeragaman konsentrasi dan tahap purifikasi yang baik