Analisis Struktur Populasi Ikan Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) yang Didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta Menggunakan Metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

Ikan tuna mata besar (Thunnus obesus) merupakan salah satu komoditas ekspor perikanan tertinggi di Indonesia. Namun hasil penangkapan ikan tuna mata besar di Samudera Hindia mengalami penurunan signifikan pada tahun 2003-2007 dan status ikan tuna mata besar saat ini adalah terancam (vulnerable). Data ini dapat menjadi indikasi telah terjadi overfishing pada ikan tuna mata besar dan dikhawatirkan penurunan jumlah stok akan terus berlanjut. Pendugaan stok ikan tuna mata besar sangat diperlukan untuk meningkatkan efektivitas pengelolaan perikanan dan konservasi dari spesies tersebut. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk mengklarifikasi stok ikan dengan akurat adalah analisis genetik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur populasi dan menduga stok ikan tuna mata besar yang ditangkap di basis perikanan tuna mata besar di Indonesia (Bali, Cilacap dan Jakarta) menggunakan pendekatan filogenetik molekuler, sehingga pengelolaan ikan tuna mata besar di Indonesia dapat dilakukan dengan lebih tepat. Sampel ikan tuna mata besar dikumpulkan dari Pelabuhan Benoa (Bali), Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap (Jawa Tengah), dan Pelabuhan Nizam Zachman (Jakarta) pada bulan Juli 2015. Metode analisis genetik yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) pada lokus tujuan Sitokrom Oksidase I (COI) dengan menggunakan enzim restriksi HaeIII, BamHI, HincII, RsaI, AluI dan XhoI. Analisis data dilakukan dengan menggunakan aplikasi PopGene32 versi 1.4. Lokus COI pada ikan tuna mata besar dapat dipotong dengan variatif oleh dua enzim restriksi yaitu HaeIII dan RsaI yang masing-masing menghasilkan dua tipe alel. Keragaman genetik ikan tuna mata besar yang ditunjukan dengan nilai heterozigositas menunjukkan bahwa dalam masing-masing populasi ikan tuna mata besar di ketiga lokasi penelitian bervariasi dengan nilai heterozigositas sebesar 5,3%. Nilai F-statistik juga menunjukkan bahwa antar populasi yang diteliti, secara genetik adalah bervariasi (FST = 0,4375). Berdasarkan pada jarak genetik yang dimiliki, populasi ikan tuna mata besaryang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta dibagi menjadi dua subpopulasi yaitu subpopulasi Bali-Cilacap (jarak genetik 0,0142) dan subpopulasi Jakarta (jarak genetik 0,1275 dengan populasi Bali). Perbedaan jarak genetik antar populasi yang memisahkan populasi ikan tuna mata besar Jakarta dapat diakibatkan karena suhu perairan yang berbeda di ketiga lokasi penelitian. Ikan tuna mata besar hidup pada daerah di bawah lapisan termoklin (150 m), suhu perairan pada kedalaman 150 m di perairan Bali dan Cilacap adalah sama (15-170C), sedangkan di perairan Jakarta lebih dingin (12-150C). Stok ikan tuna mata besar yang didaratkan di Bali, Cilacap dan Jakarta terbagi menjadi dua yaitu stok Bali-Cilacap dan stok Jakarta