Analisis Keragaman Genetik Populasi Ikan Lemuru (Sardinella lemuru) Menggunakan Teknik Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) di Perairan Jawa Timur

Ikan lemuru merupakan sumberdaya ikan pelagis dengan nilai ekonomis yang sangat penting di Indonesia. Konsentrasi ikan lemuru terbesar di perairan Indonesia berada di Selat Bali dengan puncak produksi terjadi pada bulan Desember dan Januari. Perikanan lemuru di Indonesia terutama di Selat Bali mengalami perkembangan yang sangat pesat sejak diperkenalkannya alat tangkap pukat cincin pada tahun 1972. Pemanfaatan sumberdaya ikan lemuru yang terus meningkat mengakibatkan terjadinya penurunan stok ikan lemuru yang berdampak pada proses biologi ikan lemuru. Dalam mencegah penurunan stok ikan lemuru di Selat Bali diperlukan kajian terhadap struktur populasi dan pendugaan distribusi stok ikan lemuru. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui struktur populasi ikan lemuru berdasarkan informasi genetik dalam pendugaan distribusi stok ikan lemuru di perairan Jawa Timur. Sampel ikan lemuru diambil pada tiga lokasi yaitu Pelabuhan Perikanan Muncar, Banyuwangi (Selat Bali), Pelabuhan Perikanan Nusantara Prigi, Trenggalek (Selatan Jawa), dan Pelabuhan Perikanan Pantai Mayangan, Probolinggo (Selat Madura). Metode dalam analisis genetik yang digunakan dalam penelitian ini yaitu metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) pada lokus target Cytochrome Oxidase Sub-Unit I (COI). Untuk melihat keragaman genetik dalam menduga struktur populasi ikan lemuru digunakan tiga enzim restriksi yaitu BamHI, HaeIII dan XhoI. Analisis keragaman genetik dilakukan dengan menggunakan program POPGENE versi 1.32. Enzim restriksi HaeIII menunjukkan sifat polimorfik karena mampu memotong mtDNA lemuru pada lokus COI yang menghasilkan tiga tipe pemotongan. Variasi genetik lemuru di perairan Jawa Timur relatif rendah dengan nilai heterozigositas sebesar 0.0622 dan nilai FST sebesar 0,2222 dengan aliran gen hanya 0,8750. Berdasarkan informasi jarak genetik tiga populasi lemuru di perairan Jawa Timur menunjukkan bahwa populasi lemuru terbagi menjadi dua subpopulasi yaitu subpopulasi Muncar-Probolinggo dan subpopulasi Prigi. Faktor-faktor yang mempengaruhi perbedaan genetik kedua subpopulasi diduga disebabkan faktor kondisi geografis, pola migrasi serta suhu permukaan laut