Analisis Struktur Populasi Ikan Lemuru (Sardinella lemuru) dari Perairan Jawa Timur Menggunakan Teknik DNA Sequencing

Ikan lemuru merupakan salah satu sumberdaya perikanan yang dominan dan bernilai ekonomis di perairan Indonesia. Intensitas penangkapan ikan lemuru di perairan Jawa Timur dikhawatirkan akan menyebabkan terjadi kelebihan tangkap dan berpotensi mengalami penurunan populasi. Filogenetik molekuler merupakan salah satu studi untuk mengetahui bagaimana struktur populasi genetik pada ikan lemuru sehingga nantinya dapat digunakan untuk menentukan unit manajemen sumberdaya ikan lemuru dari perairan Jawa Timur. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur populasi ikan lemuru dari Selat Madura, Selat Bali dan perairan sebelah Selatan Jawa Timur dan untuk mendapatkan informasi apakah populasi ikan lemuru yang diamati merupakan unit manajemen yang sama. Sampel ikan lemuru diambil dari Pelabuhan Perikanan Pantai Mayangan (Selat Madura), Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar (Selat Bali) dan Pelabuhan Perikanan Nusantara Prigi (Selatan Jawa Timur). Pengambilan sampel ikan lemuru dilakukan pada bulan September dan Desember 2015. Analisis genetik menggunakan teknik DNA Sequencing pada lokus tujuan Sitokrom Oksidase I (COI) dengan primer FBCL 5-TCA ACY AAT CAY AAA GAT ATY GGC AC-3 sebagai forward dan primer FBCH 5-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3 sebagai reverse. Analisis jarak genetik dan filogenetik untuk melihat kekerabatan diantara tiga populasi ikan lemuru di perairan Jawa Timur menggunakan software MEGA 5.2 metode Neighbor-Joining dengan model Kimura 2-parameter. Analisis keragaman genetik dan struktur populasi ikan lemuru menggunakan software DnaSP 5.10. Fragmen hasil sequencing penelitian ini yaitu sekitar 670 bp. Keragaman genetik ikan lemuru ditunjukkan dengan nilai keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (π). Nilai hd pada sampel perairan Selat Bali dan Selatan Jawa Timur memiliki nilai hd tinggi yang berarti bahwa sampel tersebut memiliki tingkat keragaman yang lebih tinggi dari sampel perairan Selat Madura. Sampel dari perairan Selat Madura terdiri dari satu haplotipe yang sama dengan menunjukkan nilai keragaman nukelotida 0,0 yang berarti seragam dengan memiliki sekuens yang identik. Analisis perbedaan genetik antar populasi lemuru dengan menghasilkan nilai Fst sangat tinggi yaitu 0,4545, yang menunjukkan terdapat perbedaan genetik yang sangat tinggi antar populasi ikan lemuru di Perairan Jawa Timur. Aliran gen yang terjadi pada populasi ikan lemuru di Perairan Jawa Timur menghasilkan nilai rata-rata Nm yaitu 0,30 yang menunjukkan bahwa terdapat gene flow yang rendah antar populasi. Hasil analisis jarak genetik dan filogenetik, populasi ikan lemuru di perairan Jawa Timur berasal dari stok yang berbeda dengan membentuk dua subpopulasi yaitu subpopulasi Selat Madura-Selat Bali (jarak genetik 0,001) dan subpopulasi Selatan Jawa Timur (jarak genetik 0,003 dengan populasi Selat Bali). Faktor-faktor lingkungan yang diduga memisahkan kedua subpopulasi tersebut diantaranya arus laut, jarak geografis, suhu perairan dan adaptasi lokal