Identifikasi Filogenetik Bakteri Acinetobacter baumannii Limbah Pindang Ikan Berdasarkan Sekuen 16s rRNA

Penelitian yang berjudulIdentifikasi Filogenetik BakteriAcinetobacter baumannii Limbah Pindang Ikan Berdasarkan Sekuen 16s rRNAyaitubertujuanuntuk menentukan bakteri yang diidentifikasi dari sungaicemaranlimbahpindangikan tersebut mengarah pada Acinetobacter baumannii.Penelitianinisebagailanjutandaripenelitiansebelumnya yang telahmengidentifikasisecaramikrobact isolate bakterisungaicemaranlimbahpindangikanialahbakteriAcinetobacter baumannii.PenelitianinidilaksanakanpadabulanFebruari – Maret 2013 di LaboratoriumBalai Peneltian dan Pengkajian Terapan Serpong, Tangerang. Penelitianinimerupakanjenispenelitianeksploratif agar dapat ditentukan bakteri yang terdapat pada sungai buangan limbah pindang ikan adalah benar-benar bakteri Acinetobacter baumannii.Serta mempunyai informasi mengenai bakteri Acinetobacter baumannii.Pada penelitian ini dilakukan dalam beberapa tahapan, antara lain persiapan dan pewarnaan gram kultur bakteri Acinetobacter baumannii yaitu persiapan kultur bakteri dan pengamatan morfologi bakteri. Setelah diyakini bahwa bakteri tersebut sesuai dengan Acinetobacter baumannni dilakukan proses selanjutnya yaitu analisis filogenetik berdasarkan sekuen 16S rRNA antara lain, isolasi genom DNA bakteri, amplifikasi sekuen 16S rRNA bakteri dengan polymerase chain reaction, elektroforesis amplikon 16S rRNA, purifikasi amplikon 16S rRNA, amplifikasi 16S rRNA dengan PCR cycle sekuensing, purifikasi hasil PCR cycle sekuensing, setelah itu sekuensing 16S rRNA. Hasil pewarnaan Gram menunjukkan bahwa isolat dari bakteri Acinetobacter baumanniil warna koloni pucat, diameter 2 µm sel, berbentuk bulat, reaksi gram negatif. Gen penyandi 16S rRNA teramplifikasi dengan menggunakan primer 8F dan 1492R Data sekuen 16S rRNA isolate uji selanjutnya dibandingkan dengan data sekuen 16S rRNA bakteri yang diperoleh dari bank data sekuen DNA maupun RNA di NCBI sekuen-sekuen 16S rRNA tersebut diubah ke dalam format fasta dengan program Progammer’s File Editor (PFE) sebelum dilakukan aligment dengan program BLAST. Pohon filogeni dikontruksi dengan program CrustalX. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat dari bakteri limbahpindangikanAcinetobacter baumannii adalah berdasarkan sekuen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat tersebut adalah Acinetobacter sp. N12dengan nilai similarity 100%