Identifikasi Filogenetik Bakteri Bacillus Sp. Pada Perairan Mangrove Berdasarkan Sekuen 16s Rrna

Bacillus sp adalah salah satu genus bakteri yang berbentuk batang dan merupakan anggota dari divisi Firmicutes. Bacillus sp merupakan bakteri aerob, gram positif, berbentuk batang dengan ukuran diameter 1,2-1,5 mikrometer dan panjang 2,0-2,4 mikrometer, bentuk sel-sel silindris sampai oval atau bentuk pear, dan motil endospora. Suhu pertumbuhan antara 3 o C = 45 o C dengan suhu opimum sekitar 30 o C. Karena ketahanannya terhadap kondisi lingkungan yang ekstrim, serta tidak merugikan bagi bakteri. Jenis Bacillus sp. menunjukkan bentuk koloni yang berbeda-beda pada medium agar. Warna koloni pada umumnya putih sampai kekuningan atau putih suram, tepi koloni bermacam-macam namun pada umumnya tidak rata, permukaannya kasar dan tidak berlendir, bahkan ada yang cenderung kering berbubuk, koloni besar dan tidak mengkilat. Bentuk koloni dan ukurannya sangat bervariasi tergantung dari jenisnya. Selain itu setiap jenis juga menunjukkan kemampuan dan ketahanan yang berbeda-beda dalam menghadapi kondisi lingkungannya, misalnya ketahanan terhadap panas, asam, kadar garam, dan sebagainya. Keragaman mikroba mudah dimengerti melalui sistem klasifikasi. Metode molekuler untuk klasifikasi dan identifikasi berdasarkan filogenetik menggunakan parameter yang tidak bergantung pada kondisi pertumbuhan dan media yang digunakan. Pohon filogenetik merupakan diagram percabangan yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai species makhlik hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik/genetik . Pendekatan yang umumnya digunakan saat ini adalah melalui analisis sekuen gen 16S rRNA atau 23S rRNA. 16S rRNA merupakan gen yang bersifat spesifik terhadap spesies prokariot. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari – Maret 2013 di Laboratorium Balai Peneltian dan Pengkajian Terapan Serpong, Tangerang. Tujuan dari penelitian ini adalah Menentukan isolat dari bakteri perairan mangrove ( Avicennia alba ) yang diidentifikasi secara DNA dengan metode PCR ( Polymerase Chain Reaction ) Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode eksploratif. Metode eksploratif berupaya menemukan informasi mengenai sesuatu topik/masalah yang belum dipahami sepenuhnya oleh seorang peneliti. Jadi, penelitian eksplorarif meruapakan salah satu pendekatan penelitian ang digunakan untuk meneliti sesuatu (yang menarik perhatian) yang belum diketahui, belum dipahami, dan belum dikenali dengan baik. Dari hasil penelitian diperoleh bahwa isolat bakteri Bacillus megaterium tersebut merupakan bakteri Bacillus cereus yang memiliki nilai identity 100%. Hal tersebut menunjukkan bahwa isolat Bacillus megaterium tersebut menunjukkan mengarah pada bakteri Bacillus cereus