Keragaman Genetik Hasil Aplikasi Kolkhisin Pada Tanaman Jeruk Siam Cv. Pontianak (Citrus Nobilis) Secara Morfologi Dan Molekuler

Jeruk merupakan salah satu buah utama di Indonesia. Dibandingkan dengan buah-buahan lainnya jeruk memiliki kandungan vitamin C yang tinggi serta jeruk juga merupakan tanaman yang mudah tumbuh diberbagai agroklimat. Hal ini dibuktikan produksi tanaman jeruk Siam/Keprok semakin meningkat dari tahun 2010 (267.061 t), 2011 (315.133 t), 2012 (362.680 t) dan 2013 (514.855 t) (Anonim, 2014). Meskipun terjadi peningkatan produksi dari tahun 2010 – 2013, produksi jeruk domestik masih dapat dikatakan belum memenuhi kebutuhan domestik. Peningkatan produksi buah jeruk, dapat dilakukan oleh pemulia dengan cara meningkatkan kualitas buah jeruk seperti ukuran buah, jumlaah buah percabang dan lain-lain, sehingga mampu untuk memenuhi kebutuhan domestik. Peningkatan produksi tanaman dapat dilakukan secara konvensional dengan persilangan dan secara inkonvensional yaitu dengan melakukan mutasi sehingga dapat meningkatkan keragaman tanaman. Perbaikan varietas dan peningkatan varian tanaman dapat dilakukan dengan pengaplikasian kolkhisin sehingga tanaman menjadi poliploidi karena kromosom yang berada dalam tanaman mengganda (Martasari, 2008 ; Nasir, 2001). Poliploidisasi dapat memperbaiki sifat tanaman yang kurang baik (Sulistianingsih, 2004). Penggandaan kromosom atau tanaman poliploidi menyebabkaan tanaman akan lebih besar dan lebih vigor. Pengaruh yang terjadi dari aplikasi kolkhisin pada tanaman jeruk Siam Pontianak dapat diketahui dengan melakukan analisis keragaman genetik. Analisis keragaman genetik tanaman dapat dilakukan secara morfologi dengan pengamatan langsung terhadap fenotip maupun dengan menggunakan marka molekuler (Kurniasih et al., 2011). Keuntungan dalam penggunaan penanda molekuler ialah dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik tanaman dan tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan (Handayani et al., 2006). Marka ISSR menghasilkan tingkat polimorfisme dan memperlihatkan keragaman genetik yang lebih tinggi (Agisimanto, Martasari, dan Supriyanto, 2006). Karena ISSR merupakan metode yang sederhana dan cepat, yang mengkombinasikan keuntungan SSR dan AFLP dan keuniversalan RAPD (Suryatini, 2011). Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik tanaman hasil aplikasi kolkhisin berdasarkan marka morfologi dan marka molekuler pada tanaman jeruk Siam Pontianak. Hipotesis terdapat keragaman genetik tanaman hasil aplikasi kolkhisin pada tanaman jeruk Siam Pontianak secara morfologi dan molekuler. Penelitian ini dilaksanakan di kebun dan di laboratorium pemuliaan Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika Tlekung, Batu, Malang Jawa Timur mulai bulan April sampai Juni 2015. Alat-alat yang digunakan yaitu: alat tulis, pengaris, kamera, microwave, stirer, autoclave, pipet, vortex, mikropipet, spektofotometer, gunting, gelas ukur mikrotube steril, tabung ukur, mesin elektroforesis, timer, sarung tangan, kertas label, masker, dan mesin pendingin. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah daun muda jeruk Siam cv. Pontianak, dan 18 tanaman hasil aplikasi kolkhisin yang berumur 8 ii tahun, Cetyl Trimetil Amin Bromide (CTAB), Ethylene Diamine Tetraacetic Acid (EDTA), Tris-HCL, Polyvinil Pyrolidone (PVP), akuades steril, β mercaptoethanol, NaCL, Alkhohol 70%, PCR core kit II (promega), IAA dan primer ISSR. Pendugaan keragaman tanaman jeruk berdasarkan karakter kuantitatif menggunakan analisis koefisien keragaman genetik. Data kualitatif dan hasil pita DNA yang telah didapat dilakukan tranformasi data dengan mengubanya mejadi data biner, kemudian dikelompokkan menurut kemiripan dari masing-masing ada atau tidak pita DNA dan dianalisis dengan menggunakan SAHN clustering dengan metode UPGMA. Secara morfologi perbedaan karakteristik tanaman hasil aplikasi kolkhisin dengan tanaman jeruk Siam cv. Pontianak ditunjukkan pada karakter duri dan bentuk daun. Analisa secara morfologi ditunjukkan pada dendogram yang menghasilkan 2 kelompok pada jarak genetik 68,3%. Secara molekuler diperoleh 18, 5, 13 dan 8 pita polimorfisme yang dihasilkan oleh 4 primer ISSR yang digunakan. Primer ISSR yang digunakan sangat informatif karena nilai dari PIC >50%. Hasil dendogram dari analisa molekuler menunjukkan 2 kelompok pada jarak genetik 71%