Identifikasi pola sidik jari DNA (DNA fingerperinting) tebu (Saccharum spp. hybrid) hasil screening kekeringan berdasarkan penanda mikrosatelit

Tebu (Saccharum spp. hybrid) ialah tanaman perkebunan semusim yang tumbuh di daerah beriklim tropis, termasuk salah satunya Indonesia. Data Asosiasi Gula menyatakan produksi nasional mencapai 4,7 juta ton, dan konsumsi 4,85 juta ton (Tempoenteraktif, 2009). Budidaya tebu telah berkembang di lahan kering baik di Jawa maupun luar Jawa, hal ini disebabkan oleh lahan tebu di areal persawahan semakin menyusut (Widyasari, 1999). Kekeringan yang terjadi pada fase kritis (sampai tebu berumur 165 hst) akan berdampak besar terhadap penurunan produksi tebu/ hektar bila dibandingkan pada saat terjadi pada fase pematangan maupun pembentukan gula (Irianto, 2003). Kehilangan hasil akibat kekeringan secara kuantitatif menurut Indian Institute of Sugarcane Research (2003) dapat mencapai 20-40 %. Penyediaan varietas tebu unggul yang tahan terhadap kekeringan sangat diperlukan untuk mempertahankan produksi yang optimal. Dalam pemuliaan tanaman, seleksi merupakan salah satu tahapan yang penting. Salah satu penanda yang dapat dimanfaatkan untuk penanda pembantu seleksi adalah mikrosatelit atau disebut juga SSRs (Simple Sequence Repeats). Penanda mikrosatelit sudah digunakan secara luas pada tanaman untuk fingerprinting, pemetaan gen dan analisis genetik (Crouch et al., 1998; Joomun, 2005). Tujuan dari penelitian ini adalah membandingkan dan mempelajari pola pita DNA klon tebu yang rentan dan tahan terhadap kekeringan. Sedangkan hipotesis yang diajukan ialah terdapat perbedaan pola pita DNA tanaman tebu yang rentan dan tahan terhadap kekeringan. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler Bioteknologi Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia (P3GI), jalan Pahlawan no. 25 Pasuruan. Penelitian dimulai bulan November 2009 sampai April 2010. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini terdiri dari enam klon sangat tahan (COIMB 355, AN 511, AZ 997, PS74-212,NCO 310 dan PS862) dan empat klon sangat rentan terhadap kekeringan (BB 502, PS 81-2, H37-1933 dan PS 851) . Bahan kimia digunakan untuk isolasi DNA, alektroforesis dan PCR-SSR (primer mSSCIR5 dan SMC1047HA).Metode yang digunakan terdiri dari 5 tahap. Tahap yang pertama ialah isolasi DNA 0,3 gr daun menggunakan metode CIMMYT Laboratorium (Modifikasi 2). Kemudian dilakukan uji kualitas DNA dengan elektroforesis 0,8 % gel agarosa dan uji kuantitas DNA dengan metode spektrometri. Tahapan yang ketiga ialah amplifikasi PCR menggunakan 2 pasang primer SSRs. Setelah itu visualisasi hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis 1,5 % gel agarosa. Tahapan yang terakhir ialah analisis data hasil visualisasi PCR. Analisis data dilakukan secara kualitatif dengan melihat pita DNA hasil amplifikasi. Hasil PCR menggunakan dua pasang primer SSR, menunjukkan bahwa profil DNA pada kelompok klon sangat tahan dan sangat rentan mirip. Akan tetapi dua pasang primer SSR yang digunakan dapat mengamplifikasi pita-pita unik pada beberapa klon. Primer mSSCIR5 dapat mengamplifikasi pita-pita unik (unique banding) pada dua klon sangat rentan yaitu klon BB 502 (380 bp) dan PS 851 (200 bp). SMC1047HA dapat menghasilkan pita unik (unique banding) pada satu klon yang sangat tahan dan dua sangat rentan (panah merah) yaitu COIMB 355 (90 bp), BB 502 (364 bp) dan PS 851 (200 bp). Unique banding yang dihasilkan oleh penanda SSR pada suatu klon tertentu dapat dijadikan sebagai penciri suatu klon atau varietas. Berdasarkan penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa pola sidik jari berdasarkan dua pasang penanda SSR yaitu mSSCIR5 dan SMC1047HA tidak mengamplifikasi alel spesifik untuk pembeda klon sangat tahan dan klon sangat rentan. Oleh sebab itu disarankan untuk melakukan pengujian lebih lanjut pada klon-klon hasil seleksi kekeringan menggunakan lebih banyak penanda SSR