Keragaman Genetik Pada Ikan Lemuru (Sardinella Lemuru) Berdasarkan Keragaman Basa Control Region (D-Loop) Di Perairan Probolinggo Dan Puger

Sardinella lemuru merupakan ikan tangkapan pelagis penting tidak hanya di Selat Bali, akan tetapi juga di Selatan (Grajagan dan Puger) dan Utara (Selat Madura) Jawa Timur. Hasil tangkapan lemuru di Perairan Probolinggo dan Puger selama 5 tahun terakhir (2010-2014) mengalami penurunan diduga karena Sardinella lemuru bermigrasi ke wilayah perairan lain di Samudera Hindia. Kondisi lingkungan migrasi yang berbeda dapat mempengaruhi kemampuan adaptasi Sardinella lemuru dan perpindahan gen antar populasi. Keragaman genetik yang rendah akan menurunkan kemampuan adaptasi suatu populasi. Analisis genetik dengan teknik sekuensing dipilih dikarenakan lebih efisien, terus berkembang dan dapat dipercaya. Analisis keragaman genetik pada daerah mitokondria control region (non coding) dipilih karena lebih hipervariabel dibandingkan daerah coding dan sebelumnya belum pernah dilakukan penelitian genetik Sardinella lemuru pada daerah control region di Perairan Probolinggo dan Puger, sehingga diperlukan penelitian untuk mengetahui keragaman, kekerabatan genetik dan stok populasi. Sardinella lemuru dari fishing ground Probolinggo dan Puger (total 40 ekor ikan) diambil sampel jaringan, ekstraksi DNA, PCR (primer CRK dan CRE), elektroforesis dan sekuensing. Hasil analisis keragaman haplotipe Sardinella lemuru Probolinggo dan Puger tinggi (Hd=1) dan hubungan kekerabatan antara populasi jauh (jarak genetik= 0,321). Kekerabatan secara genetik dan morfologi Sardinella lemuru membentuk dua Clade yang mewakili subpopulasi Utara dan Selatan Jawa dengan tingkat aliran gen antara populasi rendah (Nm= 0,45). Populasi Sardinella lemuru Probolinggo, 6 spesies Puger dan out group mewakili karakter dominan (nenek moyang) dan 14 spesies Puger mewakili karakter alternatif (keturunan). Tingkat kedekatan antar populasi dipengaruhi oleh spesies kriptik dan pergerakan arus musiman di Perairan Probolinggo dan Puger