Analisa Kekerabatan Orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus Linnaeus, 1760) Berdasarkan Sekuen Gen Displacement Loop DNA Mitokondria Dengan Metode Polymerase Chain Reaction

Orangutan Kalimantan merupakan salah satu hewan endemik di pulau Kalimantan, Indonesia yang sedang terancam punah. Berbagai upaya dan penelitian dilakukan untuk konservasi hewan endemik ini. Permasalahan dalam pusat rehabilitasi orangutan adalah sulitnya mengetahui hutan asal dari orangutan hasil rescue karena dalam pelepasan ke alam tidak diketahui adanya hubungan kerabat antar orangutan. Kekerabatan genetik ini dapat digunakan untuk mengetahui orangutan hasil rescue tersebut berasal dari tempat yang sama atau tidak. Analisis DNA mitokondria dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik dengan gen Displacement loop. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kekerabatan genetik Orangutan Kalimantan hasil rescue di Pusat Rehabilitasi Centre For Orangutan Protection. Penelitian ini menggunakan 4 sampel darah Orangutan Kalimantan, O2 dan O3 berumur 1 tahun, O5 berumur 7 tahun, dan O6 berumur 5 tahun. Metode pada penelitian ini adalah studi kasus di Pusat Rehabilitasi Orangutan dengan melakukan analisa kekerabatan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan mengisolasi DNA pada sampel darah lalu dilakukan uji kuantitas dan kualitas DNA, kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer Forward D-loop_F 5‘CGCACAAGAGTGCTACTCTC3’ dan Reverse D-loop_R 5‘GAATATTGGACGTTAGGCGC3’, dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap produk PCR. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 6.06 dengan metode Neighbor Joining 1000x replikasi bootsrap dan Pairwise Distances menunjukkan sampel O2 dan O3 membentuk clade sendiri, sedangkan O6 membentuk clade diluarnya. O6 memiliki jarak genetik yang dekat dengan referensi sehingga diduga berasal dari populasi yang sama yaitu Kalimantan Timur dengan jarak genetik 0,9%, sedangkan O2 dan O3 diduga berasal dari luar daerah tersebut dengan jarak genetik 2,1%. Kesimpulan dari penelitian ini adalah O2 dan O3 dapat dilepasliarkan dalam 1 grup, namun diharapkan tidak digabung dengan O6 untuk menjaga keragaman spesies