ANALISIS KERAGAMAN DNA TANAMAN DURIAN SUKUN (Durio zibethinus Murr.) BERDASARKAN PENANDA RAPD

ABSTRAKDurian (Durio zibenthinus Murr.) merupakan buah-buahan tropis dari AsiaTenggara. Beberapa genotipe durian lokal telah dilepas menjadi varietas unggul,yaitu durian sukun, sunan, kani, monthong dan petruk, namun sampai saat inibelum diketahui keragaman DNA. Alternatif untuk mengkaji keragaman DNAdurian adalah dengan menggunakan penanda RAPD. Tujuan penelitian adalahmengkaji keragaman DNA pada varietas durian sukun, sunan, kani, monthong,dan petruk serta mengkaji keragaman DNA durian sukun yang ditanam padawilayah yang berbeda berdasarkan penanda RAPD.Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar PenelitianBioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan di Yogyakarta mulai bulanNovember 2008 sampai bulan Januari 2009. Bahan penelitian analisis keragamanDNA antar varietas durian adalah daun tanaman durian sukun, sunan, kani,monthong dan petruk yang ada di kebun benih Ranukitri Karanganyar. Bahanpenelitian analisis keragaman DNA durian sukun pada wilayah penanamanberbeda adalah daun tanaman durian sukun dari Gempolan Karanganyar, duriansukun dari Kebun Benih Ranukitri Karanganyar, durian sukun dari Jepara dandurian sukun dari Salatiga. Selanjutnya dilakakukan analisis DNA terhadapsampel daun yang diawali dengan isolasi DNA, uji kuantitas dan kualitas DNA,seleksi primer, dan amplifikasi dengan PCR. Visualisasi hasil PCR dilakukandengan elektroforesis menggunakan etidium bromide yang menghasilkan pitaDNA. Pita DNA selanjutnya dianalisis dengan program NTSYS untukmendapatkan keragaman DNA antar varietas durian dan keragaman DNA duriansukun pada wilayah penanaman berbeda.Seleksi primer menghasilkan 6 primer polimorfik yang digunakan, yaituprimer OPA-01, OPA-02, OPA-07, OPA-16, OPA-18 dan OPA-19. Pola pitaDNA hasil amplifikasi menunjukkan adanya keragaman antar varietas duriansukun, sunan, kani, monthong dan petruk serta menunjukkan keragaman duriansukun yang ditanam di wilayah yang berbeda. Dendrogram pengelompokkan padalima varietas durian cenderung memisah, yaitu durian sukun, sunan, monthongdan petruk merupakan satu kelompok yang memisah dengan durian kani.Dendrogram pengelompokkan durian sukun yang ditanam pada wilayah berbedamenghasilkan dua kelompok, yaitu kelompok I terdiri dari durian sukun dariGempolan Karanganyar dan durian sukun dari Salatiga. Kelompok II terdiri daridurian sukun dari Kebun Benih Ranukitri Karanganyar dan durian sukun dariJepara.Kata kunci : Analisis keragaman, DNA, Durio zibethinus Murr, RAP