Study of pathogens, physiological and pathological conditions involved in abnormal mussel mortality (Mytilus sp.)

Depuis 2014, les moules de certains bassins de production situés sur la façade atlantique et le long des côtes de la Manche subissent des épisodes de surmortalités. En conséquence, nombre de mytiliculteurs ont ainsi vu leur production se réduire drastiquement à la suite de ces mortalités singulières et inexpliquées. Ces événements ont perturbé tout un « socio-écosystème littoral » et ont généré des questionnements et des inquiétudes de la part des professionnels du secteur. En effet, avec plus de 50 000 tonnes de moules produites par an, la France se place au troisième rang européen en termes de volume (FAO, 2018) et occupe la première place au regard de la valeur du produit avec un chiffre d’affaires annuel estimé à ~130 millions d’euros (Agreste, 2019) ; ainsi, la mytiliculture représente une part non négligeable de l’économie française. L’objectif de ce travail de thèse est de contribuer à la compréhension du phénomène de mortalité chez les moules en étudiant les pathogènes, les états pathologiques et les conditions physiologiques des animaux qui peuvent plus ou moins être impliqués dans les mortalités. Ceci a été réalisé en vue d’apporter des éléments de connaissance supplémentaires au sujet de différentes hypothèses qui avaient été formulées lors des premiers épisodes de surmortalité. Pour ce faire, différentes approches ont été employées. Dans un premier temps, une démarche épidémiologique analytique a été utilisée ; d’abord dans le cadre d’une étude de suivi sur plusieurs mois des mortalités de moules de Bretagne Nord, puis de manière concomitante, dans les cas de déclarations de mortalités en Normandie/Hauts-de-France. De fait, les mortalités de moules ayant un caractère inédit, hétérogène et inexpliqué, sans agent étiologique spécifiquement identifié, il apparaissait important de considérer plusieurs paramètres biotiques, abiotiques, internes et externes à l’hôte. Ensuite, dans une stratégie différente, l’attention s’est portée sur l’étude de l’implication de différents critères, propres aux individus, sur leur sensibilité lors d’infections expérimentales bactériennes. Et pour finir, dans une démarche de suivi d’une maladie, la néoplasie hémocytaire, des moules de Normandie ont été suivies pendant plusieurs mois afin d’évaluer la prévalence, l’évolution et l’incidence de la maladie sur les mortalités observées.Since 2014, mussels from several production areas located on the Atlantic coast and along the English Channel have been affected by massive mortality events. As a result, many mussel farmers have experienced a drastic reduction in production following these unusual and unexplained mortalities. These events have disrupted a whole "coastal socio-ecosystem" and have generated questions and concerns from professionals in the mussel farming sector. Indeed, with more than 50,000 tons of mussels produced per year, France ranks third in Europe in terms of volume (FAO, 2018) and occupies the first place in terms of product value with an estimated annual turnover of ~130 million euros (Agreste, 2019); thus, mussel farming represents a significant part of the French economy. The objective of this PhD thesis is to contribute to the understanding of the phenomenon of mussel mortality by studying the pathogens, pathological conditions and physiological conditions of animals that may be more or less involved in mortality. This was done to provide additional knowle dge about different hypotheses that had been formulated during the first episodes of high mortality. Therefore, different approaches were used. First, an analytical epidemiological approach was used; initially as part of a follow-up study over several months of mussel mortalities in North Brittany, then concomitantly, in the case of mortality declarations in Normandy/Hauts-de-France. In fact, since mussel mortalities are unusual, heterogeneous and unexplained, without a specifically identified etiological agent, it seemed important to consider several biotic, abiotic, internal and external parameters of the host. Then, in a different strategy, attention was focused on studying the implication of different criteria, specific to individuals, on their sensitivity during experimental bacterial infections. And finally, in a process of monitoring a disease, hemocytic neoplasia, Normandy mussels had been followed for several months to assess the prevalence, evolution and incidence of the disease on observed mortality