Déterminisme génétique de la résistance au flétrissement bactérien chez l'aubergine et applications en sélection variétale

La culture de l'aubergine est confrontée au flétrissement bactérien (BW), maladie causée par le complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (RSSC). La résistance variétale est la méthode la plus efficace pour contrôler cette maladie, mais elle se heurte à la forte diversité génétique du pathogène. Ainsi, l'identification des bases génétiques des résistances spécifiques et non-spécifiques est essentielle pour améliorer la résistance des cultivars. Un facteur génétique majeur (ERs1) a, dans une étude précédente, été cartographié dans une population de lignées recombinantes (RILs) d'aubergine issue du croisement entre les lignées MM738 (S) et AG91-25 (R). Initialement, ERs1 a été détecté vis-à-vis de 3 souches du phylotype I, alors qu'il était contourné par la souche PSS4 de ce même phylotype. Les objectifs de cette thèse étaient (i) de confirmer la présence et préciser la position d'ERs1 dans la population RILs MM738 x AG91-25, (ii) de définir le spectre d'action d'ERs1, (iii) d'identifier d'autres QTLs potentiellement impliqués dans une résistance phylotype-spécifique ou à spectre plus large, afin notamment de contrôler les souches virulentes, et (iv) d'examiner la possibilité d'introgresser certains de ces facteurs de résistance, ERs1 en priorité, dans des cultivars sensibles d'aubergine. Pour cela, nous avons produit 2 nouvelles populations d'haploïdes doublés (HD) issues d'un croisement entre la même lignée sensible MM738 et 2 autres lignées résistantes (MM152 et EG203). A partir de la population RILs et des 2 populations HD, nous avons produit 3 nouvelles cartes génétiques denses en marqueurs SNPs. La population RILs a été phénotypée avec 4 souches supplémentaires appartenant aux phylotypes I, IIA, IIB et III, tandis que les 2 populations HD l'ont été avec les souches virulentes PSS4 du phylotype I et R3598 du phylotype III. Nous avons ainsi confirmé l'existence du QTL majeur ERs1 (renommé EBWR9), précisé sa position à l'extrémité du bras long du chromosome 9 et validé son contrôle spécifique de trois souches du phylotype I. Cinq candidats potentiels de type R ont été identifiés dans l'intervalle physique d'EBWR9. Deux autres QTLs ont été détectés et associés à de la résistance partielle à large spectre (EBWR2 et EBWR14) respectivement sur le chromosome 2 et 5. Les analyses QTL sur les populations HD n'ont révélé aucun QTL statistiquement fiable chez la lignée résistante MM152, tandis qu'elles ont mis en évidence un système de résistance de type polygénique chez la lignée résistante EG203. Parmi les QTLs détectés chez EG203, ERPR3a et ERPR6 ont été détectés à la fois vis-à-vis de la souche PSS4 et R3598 sur les chromosomes 3 et 6. ERPR6 est en position synténique avec bwr-6, un QTL de résistance au BW détecté chez la tomate. Les marqueurs liés aux QTLs détectés au cours de cette thèse devraient faciliter le transfert de ces résistances dans des cultivars sensibles grâce à la SAM. Un schéma de transfert de la résistance dans 2 cultivars locaux a été initié et a montré la possibilité d'introgresser dans ceux-ci le QTL majeur EBWR9 ainsi que le QTL généraliste EBWR2. Ces premiers résultats ouvrent d'importantes perspectives quant à la création de variétés résistantes et la possibilité à terme de contrôler une bonne part de la diversité génétique du RSSC