An Integrative and Comparative Analysis of Transcriptome and Targetome Data of Medulloblastoma

Medulloblastoma (MB) arises in the cerebellum and is the most common brain tumor seen in the field of pediatrics. Primary and recurrent MBs are often found to contain deregulated Atonal Homolog 1 (ATOH1) expression among SHH/PTCH signals. Therefore, mice models were generated for research by inducing expression of the Atoh1 transgene in the cerebellum of Ptch1+/- mice. The overexpression of the Atoh1 transgene in the animals transform the non-metastatic brain tumor to a metastatic tumor that disseminates to the spinal cord and other parts of the brain. In order to understand the molecular and cellular events involved in the cascade of metastatic MB, statistical analysis of the transcriptome and targetome were applied. RNA-Sequencing was run first to generate a common list of shared differentially expressed genes and then followed by the addition of chromatin immunoprecipitation sequencing. From the data obtained, pathway analysis was applied. The data from the mice were then subject to comparison to a cohort of human data on MB to further investigate the similarities and differences in the biological causes for the formation of the disease. Das Medulloblastom entstammt im Kleinhirn und ist der häufigste pädiatrische Gehirntumor. Es wird häufig festgestellt, dass primäre und rezidivierende Medulloblastome deregulierte atonale Homolog 1 (ATOH1)-Expression unter SHHPTCH-Signalen enthalten. Darum wurden Mäusemodelle in der Forschung erstellt, indem die Expression des Atoh1-Transgens im Kleinhirn von Ptch1+/ - Mäusen induziert wurde. Die Überexpression dieses Transgens in den Tieren wandelt den gutartigen Gehirntumor in einen metastatischen Tumor um, der sich auf das Rückenmark und andere Teile des Gehirns verbreitet. Um die molekularen und zellulären Ereignisse nachzuvollziehen, die an der Kaskade metastatisches Medulloblastoms beteiligt sind, wurden statistische Analysen des Transkriptoms und des Targetoms durchgeführt. Die RNA-Sequenzierung wurde zuerst durchgeführt, um eine gemeinsame Liste von differentiell exprimierten Genen zu erstellen, gefolgt von dem Zusatz der ChromatinImmunopräzipitationssequenzierung. Von den erhaltenen Daten wurde eine Weganalyse durchgeführt. Die Daten der Mäuse wurden dann einem Vergleich mit einer Kohorte menschlicher Daten zum MB unterzogen, um die Ähnlichkeiten und Unterschiede in den biologischen Ursachen für die Entstehung der Krankheit weiter zu untersuchen