Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında ototransporter proteinlerın oluşumunun araştırılması ve filogenetik ilışkilerinin PFGE ile tespiti

TEZ11230Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2018.Kaynakça (s. 71-79) var.xvi, 85 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm.Ototransporter sistemler, bakterilerde patojeniteden sorumlu en önemli hücre elemenlarından birisi olup, sıklıkla farklı bakterilerden mobil genetik elemanlar olarak transfer edilirler ve konak hücrenın yeni virülans genlerini transfer edebilmesine imkân sağlarlar. Bu çalışma, E.coli suşlarına gerek metabolik faliyetlere katılan gerekse konak savunma sistemlerine karşı bakterinin korunmasında rol olan ototransporter genlerinin varlığı, dağılımı ve virülanspotensiyel katkılarınıortaya çıkartma amacı ile planlanmıştır. Böylece ototransporter genlerinin, E.coli suşlarının süreveyansındaki önemi ve gıdaların UPEC gibi ExIEC suşlarının insanlar arasında dağılımında rezervuar veya portör rollerinin olup olmadığıda sorgulanmıştır. Çalışmada intestinal sistem dışı klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş ve gida örneklerindenizole edilmiş otuz beş E.coli suşu olmak üzere toplam 100 E.coli izolatıörnek olarak kullanılmıştır. PCR yöntemi ile yapılan bu genlerin prevalansı;Agn43 için %15,Tsh için % 1, UpaC için %6 ve UpaJ icin %8 olarak tespit edilmiştir. Buna karşılık Sat, Vat ve UpaB genlerine ait hedef gendizilerinin varlığı gösterilememiştir. E.colisuşları arasındaki genotipik ilişkinin gösterilmesi için PFGE metodu kullanılmıştır. İnsan ve gıda kaynaklı 89 izolatın 6’sında (%6. 8) klonal anlamlı bir ilişki bulunmadığı görülmüştür. Sonuç olarak klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte bazı ototransporterlerin. E.coli suşlarının çeşitliliği arasındaki spesifik dağılımı henüz belirlenmemiştir. Ototransporterin virülans faktörü ile olan ilişkisini tanımlamak ve anlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.The autotransporter proteins constitute one of the most important cell components responsible for pathogenicity in bacteria and are frequently transferred as mobile genetic elements from different bacteria and allow the host cell to transfer new virulence genes. The purpose of this study was to identify the presence, distribution and virulence potential of autotransporter genes that are effective in the protection of the bacteria against host defence systems. Therefore, autotransporter genes have also been questioned the prevalence in the surveillance of E.coli strains and in the distribution of food among the people of the ExPEC strains, such as UPEC or whether or not there were porter roles. Sixty-five E.coli strains isolated from non-intestinal system clinical specimens and thirty-five E.coli strains isolated from the food sources. A total of 100 E.coli isolates were used in this study. The prevalence of the autotransporter-related genes was determined in the E.coli strains by using the PCR method which was as follows: Agn43 15%; Tsh 1%; UpaJ 8% and UpaC 6%. While that other genes such as Sat, Vat and UpaB genes could not be detected. It was used PFGE method for the detection of clonal relationships and was found in 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and food isolates had a clonal relationship. In conclusion, E.coli strains isolated from clinical specimens were found to have higher prevalence autotransporter genes than E.coli strains isolated from food samples. However, the specific distribution of autotransporter among E.coli strains has not established yet.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FYL-2017-8056