Przyspieszenie algorytmu Smitha-Watermana z użyciem procesora graficznego

CUDA is a technology introduced by NVIDIA Corporation, which allows software developers to take advantage of GPU resources relatively easily. This paper presents an approach leading to significant acceleration of the execution of the Smith-Waterman algorithm. The algorithm finds the best local alignment of two sequences, such as amino acid or nucleotide sequences. The results show that it is possible to search bio-informatics databases accurately within a reasonable time.Wraz z wprowadzeniem przez firmę NVIDIA technologii CUDA wykorzystanie potencjału kart graficznych stało się łatwiejsze. W artykule przedstawiono metodę istotnego przyśpieszenia wykonania algorytmu Smitha-Watermana, znajdującego optymalne, lokalne dopasowanie dwóch sekwencji, takich jak sekwencje aminokwasów lub nukleotydów. Uzyskane wyniki sugerują, że możliwe jest dokładne przeszukiwanie bioinformatycznych baz danych w rozsądnym czasie