Bacterial diversity and biogeography from Atlantic Forest trees phyllosphere, bark and soil under the canopy area

A diversidade e a biogeografia de bactérias nas superfícies da folha, casca e no solo sob a projeção da copa das árvores da Mata Atlântica são pouco conhecidas. Inúmeros fatores ambientais e mesmo a própria espécie vegetal podem influenciar na estrutura dessas comunidades. O objetivo deste trabalho foi determinar a variabilidade espacial das comunidades de bactérias associadas à filosfera, casca e solo sob a projeção da copa de diferentes espécies arbóreas da mata Atlântica no Parque Estadual Carlos Botelho (PECB), bem como estabelecer uma relação entre as estruturas das comunidades de bactérias e a filogenia das espécies vegetais. Para isso foi utilizado PCR-DGGE de amplicons da região V3 do gene rRNA 16S e sequenciamento de clones da região V1-V3 do gene rRNA 16S. A estrutura das comunidades de bactérias com base nos amplicons detectados após DGGE mostra que na filosfera, foi possível agrupar comunidades bacterianas específicas para cada espécie vegetal. Na casca ocorreu um agrupamento semelhante, no entanto para solo não ocorreu semelhança entre as espécies vegetais. A localização das plantas na floresta não influenciou a estrutura das comunidades de bactérias na filosfera e casca das plantas de mesma espécie, apresentando um certo grau de variabilidade, sendo essa variabilidade menor do que entre as diferentes espécies de plantas. A diversidade e riqueza de UTOs são maiores em solo, se comparado a filosfera e casca. A abundância de UTOs|demonstrou a ocorrência de grupos específicos para cada espécie vegetal, no entanto, na filosfera não ocorreram UTOs comuns entre as plantas, ao contrário do que ocorreu em casca e solo. Quando comparadas as UTOs entre os ambientes, observou-se que cada ambiente seleciona grupos específicos, sendo maior a presença de UTOs comuns entre a filosfera e a casca. Foram observados UTOs comuns entre os três ambientes. De maneira geral, pode-se concluir que a diversidade e estrutura das comunidades de Bacteria na filosfera, casca e solo podem ser determinadas pela plantaBacterial diversity and biogeography from Atlantic Forest trees phyllosphere, bark and soil under the canopy area are little known. Additionally, countless environmental factors and the plant species itself can influence the bacterial community structure. Therefore, the goals of this work were to determine the bacterial community variability associated to phyllosphere, bark and soil under canopy area of different tree species from Atlantic Forest in the Parque Estadual Carlos Botelho (PECB) as well as to set a relationship between the community structure and the plant species phylogeny. For this aim, PCR-DGGE of amplicons and clones sequencing of 16S V3 region rRNA gene were used. DGGE results showed that bacterial community structure was grouped by plant species in phyllosphere and bark, but not in the soil under canopy area. Same plant species from different points of the forest were assayed resulting in little variability among them and, consequently, without influence over the bacterial community structure in phyllosphere and bark. For that reason, divergences in phyllosphere and bark communities among plant species were higher than the divergences of the same species from different points at the forest. OTUs diversity and richness were greater in soil than in phyllosphere and bark. OTUs abundance showed the presence of specific groups in phyllosphere to each single plant species, instead of bark and soil communities that revealed the presence of some common OTUs by different plant species. Comparison amongst the OTUs from phyllosphere, bark and soil suggest a selection of structure related groups, although the presence of common groups, mainly between phyllosphere and bark. Conduding, the phyllosphere, bark and soil Bacteria community structure and diversity can be determined by the plan