Identification of QTLs in chicken chromosomoes 2 and 4 for growth and carcass traits (Gallus gallus)

As avaliações genéticas, dos programas de melhoramento, utilizadas para seleção de animais para uma característica de interesse são comumente baseadas em observações fenotípicas. O interesse no desenvolvimento de técnicas que permitam a identificação de genes é encontrar meios mais eficientes de selecionar uma característica, normalmente de interesse comercial, influenciadas por um grande número de loci com pequeno efeito (teoria poligênica). Esses loci são denominados QTL (quantitative trait loci - loco de característica quantitiva). Com o uso de marcadores microssatélites, foram identificados QTLs para características de desempenho e carcaça, nos cromossomos 2 e 4 de aves. Partindo de uma população (F0) com base genética diferente, onde uma linhagem denominada TT foi selecionada para corte e outra, denominada CC, foi selecionada para postura, foram produzidas as gerações F1 (TC - macho TT acasalado com fêmea de postura). O acasalamento entre indivíduos F1 não aparentados produziu a geração F2, e o desequilíbrio de ligação necessário para o mapeamento de QTL. Foi escolhida a estratégia de genotipagem seletiva nas primeiras genotipagens (continua). Essa escolha permitiu que fossem determinadas regiões nos cromossomos 2 e 4, com probabilidade de ter um QTL, uma vez os marcadores foram significativos a 10% na análise de qui-quadrado. A partir da seleção dos marcadores informativos, analisados na genotipagem seletiva, foram escolhidas as melhores famílias para serem genotipadas, separadamente nos cromossomos 2 e 4. À essas regiões de interesse nos cromossomos, foram incluídos um número maior de marcadores microssatélites como forma de aumentar a densidade de marcadores naquela região. Para os marcadores da genotipagem seletiva e os demais incluídos, foram genotipadas todas as progênies das famílias escolhidas, que em média eram de 100 indivíduos F2. O mapa de ligação do total de marcadores foi realizado com a utilização do programa CRI-MAP. Os dados fenotípicos foram pré-ajustados para os efeitos não-genéticos que foram signifitcativos para cada característica na análise de variância. A análise de mapeamento de QTLs foi feita por intervalo, usando método de regressão, onde é pré-suposto que as linhagens fundadoras são fixadas para os alelos alternativos do QTL. Essa análise é denominada line cross. Uma análise complementar denominada half-sib foi realizada para analisar o efeito de substituição de alelos.(continua) ). As análises de line cross possuem maior poder de detecção de diferenças fenotípicas entre as linhagens fundadoras ou iniciais (F0) e as half-sib para as diferenças existentes dentro das linhagens. Foram encontrados para o cromossomo 2 sob análise de linecross 10 QTLs com, pelo menos, ligação sugestiva, e 11 para o cromossomo 4. Sob análise half-sib foram identificados 3 e 5 QTLs para os cromossomos 2 e 4 respectivamente. Os resultados dos mapas de ligação são|consistentes com os publicados em outras espécies. Os resultados de mapeamento de QTLs utilizando a estratégia de genotipagem seletiva fortalecem a pré-suposição do poder de detecção maior esperado pela análise de linecross, em relação à análise de half-sibThe goal of animal breeding is to achieve genetic progress. Until recently animals were selected after genetic evaluations based on phenotypic data. Finding new or more efficient ways to select for desirable traits is the most important reason for the interest in developing methods to find genes. Animal breeders are mostly interested in economic traits, which have a quantitative nature. These traits are usually influenced by a number of loci which are named quantitative trait loci or QTLs. The objective of the thesis was to identify QTLs on chromosomes 2 and 4 that affect growth and carcass traits. Two chicken lines, one broiler (TT) and another layer (CC), were used to produced and F2 population. Selective genotyping was used to identify regions containing potential QTL. The selected regions were then typed in all individuals of the most informative families. A total of 614 individual from 06 full-sib families were genotyped. The linkage map were constructed using the CRI-MAP program. Phenotypic data were adjusted to significative non-genetic effects in ANOVA analysis. A interval mapping method were used to map QTLs, under linecross and half-sib analysis. Under the linecross model it is assumed that two lines, although they may segregate at the marker loci, are fixed for alternative alleles the QTL affecting the traits of interest. Ten QTLs were found in chromosome 2 with, at least, suggestive linkage under linecross analysis. In chromosome 4, eleven QTLs were found under this same analysis. Under half-sib analysis, 3 and 5 QTLs were identified in chromosomes 2 and 4, respectively. These results support the use of selective genotyping strategy to map QTL and the assumption of linecross analyses are more powerful than half-sib analyses to our population structur