Le transfert de l’écosystème microbien fécal des oiseaux contribue à l’établissement du microbiote de surface des œufs pondus : application aux oiseaux reproducteurs de poulet de chair

Dans la filière avicole de type chair, les bactéries présentes sur la coquille de l’œuf après la ponte sont encore très peu caractérisées, mais elles peuvent avoir des impacts sur la santé du poussin et, ultimement, sur la santé publique. L’objectif de cette étude était de décrire le microbiote fécal des oiseaux reproducteurs de poulet de chair et celui retrouvé à la surface de leurs œufs pondus afin d’évaluer une possible transmission de l’écosystème microbien fécal parental vers la surface de l’œuf. Douze troupeaux d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair (Québec, Canada) ont été échantillonnés en deux temps. En utilisant une technologie de séquençage ciblant l’ARN ribosomal 16S des bactéries (la métagénomique 16S), nos analyses ont révélé que la composition et la structure des deux communautés bactériennes étaient significativement différentes (p<0.001). Aussi, le facteur temps (2 périodes d’échantillonnage à intervalle de 4 semaines) et le facteur troupeau (identité du lot d’oiseaux) influençaient significativement (p<0.05) les diversités alpha et beta des microbiotes. Ce sont 1790 unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) qui étaient communes aux fèces et aux coquilles d’œufs et ce, indépendamment du moment d’échantillonnage. Des séquences associées à des genres bactériens potentiellement pathogènes et à celles retrouvées dans les flores d’altération, i.e Acinetobacter, Campylobacter, Escherichia/Shigella, Helicobacter, Listeria, Proteus, Pseudomonas, Salmonella et Staphylococcus, étaient également partagées entre les deux types d’échantillons. Aussi, certaines OTUs, très représentées dans le microbiote fécal, n’étaient pas présentes à la surface des œufs, suggérant une sélection lors du transfert et/ou une contamination environnementale. À notre connaissance, il s’agit de la première étude s’appuyant sur la métagénomique 16S à décrire la contribution du transfert de l’écosystème microbien fécal des poules reproductrices à l’établissement du microbiote retrouvé à la surface des œufs pondus, ainsi qu’à caractériser les communautés bactériennes présentes dans les fèces d’oiseaux reproducteurs de poulet de chair et à la surface des œufs pondus.In chicken broiler production, microbial populations present on the surface of the eggshell after laying are still poorly characterized, though they may significantly impact poultry and public health. The aim of this study was to describe the microbiota of both broiler breeder hens’ feces and of the surface of the eggs laid by these birds in order to evaluate the transfer of the parental fecal microbial ecosystem to the surface of laid eggs. Twelve breeder flocks in Québec, Canada were sampled at two different times. Using 16S metagenomic, we showed that the bacterial community composition and structures of both microbiomes differ (p<0.001). We also showed that both the sampling time and the flock identity were significantly (p