Laadunvalvontamenetelmän pystytys Novodiag-testikasetin primer mix -komponenteille

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli kehittää laadunvalvontamenetelmä Mobidiag Oy:n Novodiag® Bacterial GE+ -testikasetin primer mix -komponenteille (alukesekoitus-komponentit). Novodiag Bacterial GE+ on automatisoitu geenimonistusmenetelmä (PCR) useiden patogeenisten gasteroenteriittiä aiheuttavien bakteerien tunnistukseen potilaan ulostenäytteestä. Primer mix sisältää testissä tunnistettavien bakteerien kohdegeenien aluk-keet ja kehitetyn menetelmän tarkoitus oli pystyä toteamaan kaikkien tarvittavien primer mix -komponenttien toiminta osana valmistettavan kasetin laadunvalvontaa. Kehitetyn menetel-män oli myös tarkoitus tuottaa kvantitatiivista ja hyvin toistettavissa olevaa tietoa primer mix -komponenttien toiminnasta eri tuotantoerissä. Menetelmässä käytettiin SYBR® Green -pohjaista qPCR-sulamiskäyräanalyysiä. Työssä kehitettiin sopivat pitoisuudet käytetyille synteettisille gBlock®-DNA-templaateille ja toimiva qPCR-ohjelma. Myös alukkeiden valmistajan vaikutusta tutkittiin ja se koettiin vähäiseksi. Toimivien olosuhteiden löydyttyä tehtiin toistoja eri primer mix -erillä ja qPCR-laitteistoilla selvittämään normaalivaihtelun suuruutta, laadunvalvonnassa käytettävien hyväksyntärajo-jen asettamiseksi. Työssä kehitettyä laadunvalvontamenetelmää suunniteltaessa keskityttiin siihen, että kaikki alukkeet tunnistetaan. Kehitetyllä menetelmällä pystyttiin onnistuneesti erottamaan kaikki Bacterial GE+ -testikasetissa käytössä olevat alukkeet. Kuitenkin qPCR-monistuksessa ha-vaittiin negatiivisten näytteiden epäspesifistä monistumista SYBR Green -detektiolla, joka menetelmänä poikkeaa lopullisen tuotteen spesifisestä koetin-detektiosta. Koska negatiivis-ten näytteiden monistuminen olisi vaikeuttanut laadunvalvontaa huomattavasti ja niiden erot-taminen varsinaisista kontaminaatioista olisi ollut vaikeaa, päätettiin ettei kehitettyä mene-telmää lopulta voida käyttää vakituisena laadunvalvontamenetelmänä