Selección de marcadores microsatélites (SSR’s) para el análisis de variabilidad genética en siete cultivares de arracacha (Arracacia xanthorrhiza)

Arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) is a reservantes Apiaceae with tuberous roots rich in starch fine and nutritious. Microsatellites (SSR) are DNA simple sequence motifs of 1-6 nucleotides repeated in tandem, have useful features to study the genetic diversity of a population. In the municipality of Boyacá, Boyacá, farmers identified by phenotypic differences arracacha seven cultivars. This research seeks to identify and reproducible polymorphic loci in seven arracacha native cultivars from a set of 14 SSR loci’s designed from Ecuatorian cultivars. DNA of each cultivar was amplified and each microsatellite locus was evaluated at different MgCl2 concentrations and annealing temperatures. The amplifications were confirmed by electrophoresis of 2.5% agarose with ethidium bromide dye and were separated by electrophoresis 6, 10 and 12% polyacrylamide gels stained with silver nitrate. The standardization for each locus was reduced nonspecific bands in 80% showed an optimal resolution of the bands on 12% polyacrylamide. Polymorphic fragment were observed in nine loci, four fragment were monomorphic and one polymorphic loci locus with excess nonspecific bands was detected. Paliverde, palirrusia, palinegra, egg yolk, white jar, yucatana and yellow jar: the use of nine microsatellite loci in the analysis of the genetic variability of cultivars arracacia was confirmed.La arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) es una Apiaceae con raíces tuberosas preservantes ricas en un fio y nutritivo almidón. Los microsatélites o SSR’s, secuencias simples de ADN con motivos de 1 a 6 nucleótidos repetidos en tándem, poseen características útiles para estudiar la diversidad genética de una población. En el municipio de Boyacá, Boyacá, los agricultores identificaron mediante diferencias fenotípicas siete cultivares de arracacha. Esta investigación busca identificar los loci polimórficos y reproducibles para siete cultivares natios de arracacha entre un conjunto de 14 loci SSR’s diseñados a parti de un cultiar ecuatoriano. Se amplificó y evaluó el ADN de los cultivares de arracacha con diferentes concentraciones de MgCl y temperaturas de anillamiento para cada locus microsatélite. Los productos amplificados se separaron en geles de poliacrilamida al 6, 10 y 12%. La estandarización para cada locus logró reducir las bandas inespecíficas en un 80% y evidenciaron una resolución óptica de las bandas en poliacrilamida al 12%. Se detectó que 5 loci no son aptos para el análisis de la variabilidad de arracacha debido a que loci son monomórficos, mientras que 1 locus polimórfico presenta exceso de bandas inespecíficas. Se identificaron fragmentos polimórficos reproducibles en 9 loci microsatélites y se confirmó su uso para el análisis de la variabilidad genética de los cultivares nativos de arracacha: paliverde, palirrusia, palinegra, yema de huevo, blanca de tarro, yucatana y amarilla de tarro