Análisis preliminar de la estructura primaria y secundaria del ARNtTrp en tortugas marinas

There are seven species of sea turtles, all threatened or in risk of extinction. Studies with mitochondrial DNA have allowed the understanding of phylogeny, evolution, migration routes, scattering centers, identification of polymorphisms and haplotypes, being the basis for management and conservation plans. In this study we did the first compared description between primary and secondary structures of the mitochondrial ARNtTrp of sea turtles. A multiple alignment of 26 sequences of the gene coding for ARNtTrp was performed and a secondary structure was proposed using ARWEN. Potential tertiary interactions were identified through compared homology with ARNtTrp present in mammals. The results showed a 76-base consensus sequence with seven conserved regions which represent the 76% of the molecule. We identified three haplotypes for C. caretta, two for C. mydas and one for each of the other species. The secondary structures showed specific nucleotide changes to each species and also that the acceptor stem, the TψC arm and the anticodon loop are conserved motifs in the ARNtTrp of sea turtles. A non-canonic A-A type link was found in the DHU stem which may be considered a characteristic of sea turtles. Furthermore, a consensus secondary structure was obtained where the seven conserved regions, six possible tertiary interactions and DHU loop as a variable region were identified as well.Actualmente existen siete especies de tortugas marinas, todas amenazadas o en riesgo inminente de extinción. Los estudios con ADN mitocondrial han permitido hacer acercamientos sobre filogenia, evolución, rutas migratorias y centros de dispersión, además para la identificación de polimorfismos y haplotipos, siendo base para planes de manejo y conservación. El presente estudio representa la primera descripción comparada de la estructura primaria y secundaria del ARNtTrp mitocondrial en tortugas marinas. Se realizó un alineamiento múltiple de 26 secuencias del gen que codifica para el ARNtTrp y se propuso la estructura secundaria utilizando el programa ARWEN. Se identificaron potenciales interacciones terciarias por homología comparada con el ARNtTrp de mamíferos. Los resultados mostraron una secuencia consenso de 76 bases con siete regiones conservadas que representan el 76 % de la molécula. Se identificaron polimorfismos que representan tres haplotipos para C. caretta, dos para C. mydas y uno para cada una de las demás especies. Las estructuras secundarias mostraron cambios nucleotídicos puntuales para cada especie y también mostraron que el tallo aceptor, el brazo TψC y el bucle anticodón son motivos conservados en el ARNtTrp de las tortugas marinas. Se encontró un enlace no canónico tipo A-A en el tallo DHU que podría considerarse característico de tortugas marinas. Además, se obtuvo una estructura secundaria consenso en donde se identificaron las siete regiones conservadas, seis posibles interacciones terciarias y el bucle DHU como región variable.&nbsp