Apprentissage profond pour la segmentation des tumeurs cérébrales et des organes à risque en radiothérapie

Medical images play an important role in cancer diagnosis and treatment. Oncologists analyze images to determine the different characteristics of the cancer, to plan the therapy and to observe the evolution of the disease. The objective of this thesis is to propose efficient methods for automatic segmentation of brain tumors and organs at risk in the context of radiotherapy planning, using Magnetic Resonance (MR) images.First, we focus on segmentation of brain tumors using Convolutional Neural Networks (CNN) trained on MRIs manually segmented by experts. We propose a segmentation model having a large 3D receptive field while being efficient in terms of computational complexity, based on combination of 2D and 3D CNNs. We also address problems related to the joint use of several MRI sequences (T1, T2, FLAIR).Second, we introduce a segmentation model which is trained using weakly-annotated images in addition to fully-annotated images (with voxelwise labels), which are usually available in very limited quantities due to their cost. We show that this mixed level of supervision considerably improves the segmentation accuracy when the number of fully-annotated images is limited.Finally, we propose a methodology for an anatomy-consistent segmentation of organs at risk in the context of radiotherapy of brain tumors. The segmentations produced by our system on a set of MRIs acquired in the Centre Antoine Lacassagne (Nice, France) are evaluated by an experienced radiotherapist.Les images médicales jouent un rôle important dans le diagnostic et la prise en charge des cancers. Les oncologues analysent des images pour déterminer les différentes caractéristiques de la tumeur, pour proposer un traitement adapté et suivre l'évolution de la maladie. L'objectif de cette thèse est de proposer des méthodes efficaces de segmentation automatique des tumeurs cérébrales et des organes à risque dans le contexte de la radiothérapie, à partir des images de résonance magnétique (IRM).Premièrement, nous nous intéressons à la segmentation des tumeurs cérébrales en utilisant des réseaux neuronaux convolutifs entrainés sur des IRM segmentés par des experts. Nous proposons un modèle de segmentation ayant un grand champ récepteur 3D tout en étant efficace en termes de complexité de calcul, en combinant des réseaux neuronaux convolutifs 2D et 3D. Nous abordons aussi les problèmes liés à l'utilisation conjointe des différentes séquences IRM (T1, T2, FLAIR).Nous introduisons ensuite un modèle de segmentation qui est entrainé avec des images faiblement annotées en complément des images segmentées, souvent disponibles en quantités très limitées du fait de leur coût. Nous montrons que ce niveau mixte de supervision améliore considérablement la performance de segmentation quand le nombre d'images entièrement annotées est limité.Finalement, nous proposons une méthodologie pour segmenter, de manière cohérente anatomiquement, les organes à risque dans le contexte de la radiothérapie des tumeurs cérébrales. Les segmentations produites par notre système sur un ensemble d'IRM acquis dans le Centre Antoine Lacassagne (Nice) sont évaluées par un radiothérapeute expérimenté