KLONING DAN SEQUENCING KERANGKA BACA TERBUKA VP26 DAN VP28 VIRUS WSSV SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN UNTUK PENGENDALIAN PENYAKIT BINTIK PUTIH (WHITE SPOT DISEASE) PADA UDANG WINDU (PENAEUS MONODON)

White spot syndrome virus (WSSV) merupakan virus patogen yang paling mematikan bagi udang windu (Peneaus monodon) dan telah menimbulkan kerugian ekonomi yang sangat besar serta mengancam perkembangan industri budidaya udang di dunia termasuk di Indonesia. Genom WSSV telah ditentukan urutan nukleotidanya secara lengkap. Berbagai upaya telah digunakan untuk mengatasi masalah infeksi wssv, antara lain penerapan biosecurity, penerapan good aquaculture practices serta menebar benur udang yang berlabel SPF (specific pathogen free), namun wabah penyakit ini masih sering terjadi. Oleh karena itu, disamping strategi yang telah digunakan tersebut, strategi lain yang perlu dikembangkan dan dapat memberikan prosepek dimasa datang untuk pengendalian virus ini adalah peningkatan sistem kekebalan udang windu menggunakan antigen yang berasal dari virus WSSV yang dapat memberikan efek proteksi, yaitu menggunakan vaksin recombinant menggunakan gen VP 26 dan VP 28 melalui vector ekspresi yang akan memproduksi protein pada bakteri Escherichia coli BL21. Gen VP26 dan VP28 diamplifikasi dengan PCR selanjutnya dikarakterisasi DNAnya untuk mendapatkan urutan nukleotida paling terkonservasi. Gen VP26 dan VP28 diklon ke dalam E. coli dan hasil klonnya akan dikonfirmasi kebenarannya. Hasil penelitian Tahun I adalah beberapa sampel yang diperoleh dari berbagai lokasi di Sulawesi selatan, setelah dilakukan optimasi terhadap PCR, beberapa sampel terinfeksi WSSV dengan menggunakan primer VP26, VP28 dan VP292. Hasil amplifikasi DNA yang menunjukkan pita tebal lalu dipurifikasi, selanjutnya diligasi pada pDrive cloning dan ditransformasi pda EZ Competent Cell Escherichia coli (Qiagen). Beberapa bakteri yang tumbuh pada media LB yang mengadung ampicillin diskrining untuk mengetahui bahwa cloning berhasil. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa VP26 dan VP28 telah berhasil dikloning pada pDrive cloning