Contribution to the study of the effect of denaturing solvents on the ultraviolet spectrum and electrophoretic mobility of protein or protein model chromophores

Protein cooperativism is an extremely important process. It is the basis of allosteric mechanisms of protein activity regulation, but it also manifests itself in processes such as the unfolding of three-dimensional protein structures and can be expressed at population levels of partially folded intermediate states during the transition from native to unfolded state. (Freire et al., 1992). The theory, characteristics and properties of cooperative transitions are developed with reference to the abrupt changes that occur in protein solutions (Lumry et al., 1966). The biological activity of proteins requires a highly ordered three-dimensional structure. In folding techniques, activity represents a very sensitive criterion because of the relationship between protein structure and function (Jaenicke, 1989 apud Yoshida et al., 1993). Since a large number of conformations are possible for a polypeptide chain, obtaining A native structure through a random mechanism is not a satisfactory model (Vanhove, 1995). The mechanism by which the polypeptide chain directs folding to its native conformation is a fundamental problem that remains unresolved and has been elucidated by Physical Biochemistry (Denton et al., 1994; Matthews et al., 1981). In due course, the identification of intermediaries is supported by the highly cooperative nature of the folding process. 1 (Kuwajima et al., 1989; Gorovits et al., 1995). A wide variety of experimental techniques have been used to try to overcome these difficulties and clarify the protein folding mechanism (Kim & Baldwin, 1990; Yoshida et al., 1993) including mutational studies (Jennings et al., 1991) masking studies. disulfide bonding (Creigthon, 1986; Weissmam & Kim, 1991) studies of partially and thermodynamically stable bent species (Kuwajima, 1989) and model peptide studies (Oas & Kim, 1988; Montelione & Scheraga, 1989). The methodology for discovering the individual folding steps comprises thermodynamics and kinetic analysis of the refolding processes. unfolding.Dissertação (Mestrado)O cooperativismo em proteínas é um processo extremamente importante. Ele é a base dos mecanismos alostéricos de regulação da atividade protéica, mas ele também se manifesta em processos como o desenovelamento de estruturas tridimensionais de proteínas e pode ser expresso em níveis populacionais de estados intermediários parcialmente enovelados durante a transição do estado nativo para o estado desenovelado (Freire et al., 1992). A teoria, características e propriedades das transições cooperativas são desenvolvidas com referência às mudanças abruptas que ocorrem em soluções de proteínas (Lumry et al., 1966). A atividade biológica das proteínas necessita de uma estrutura tridimensional altamente ordenada. Nas técnicas de enovelamento, a atividade representa um critério muito sensível devido a relação entre estrutura e função das proteínas (Jaenicke, 1989 apud Yoshida et al., 1993) Visto que um grande número de conformações é possível para uma cadeia polipeptídica, a obtenção de uma estrutura nativa através de um mecanismo randômico não é um modelo satisfatório (Vanhove, 1995). O mecanismo através do qual a cadeia polipeptídica dirige o enovelamento para sua conformação nativa é um problema fundamental que permanece não resolvido e tem sido elucidado pela Bioquímica Física (Denton et ai., 1994; Matthews et al., 1981). Oportunamente, a identificação de intermediários é amparada pela natureza altamente cooperativa do processo de enovelamento 1(Kuwajima et al., 1989; Gorovits et al., 1995). Uma grande variedade de técnicas experimentais tem sido utilizadas para tentar vencer estas dificuldades e esclarecer o mecanismo de enovelamento das proteínas (Kim & Baldwin, 1990; Yoshida et al., 1993) incluindo estudos mutacionais (Jennings et al., 1991) estudos que mascaram a ligação-dissulfeto (Creigthon, 1986; Weissmam & Kim, 1991) estudos de espécies enoveladas parcialmente e termodinamicamente estáveis (Kuwajima, 1989) e estudos de peptídios modelos (Oas & Kim, 1988; Montelione & Scheraga, 1989). A metodologia para se descobrir as etapas individuais do enovelamento compreendem a termodinâmica e as análises cinéticas dos processos de reenovelamento e desenovelamento