Physikalische Kartierung der Region des Schossgens der Zuckerrübe (Beta vulgaris L.)

Die Zuckerrübe weist einen zweijährigen Generationszyklus auf und kommt erst nach einer Vernalisationsperiode zur Blüte, während viele verwandte Wildrüben einjährig sind und somit schon ohne Vernalisation im ersten Jahr schossen und blühen. Das Schossgen (Gen B) determiniert das Merkmalspaar "einjährig/zweijährig", wobei das Allel B (Einjährigkeit) vollständig dominant über b ist (Zweijährigkeit). Aufbauend auf eine AFLP-Feinkartierung des Schossgens wurde eine physikalische Karte der Region des Schossgens erstellt, um eine Karten-gestützte Klonierung des Gens zu ermöglichen. Eine Zuckerrüben-YAC-Bank wurde mit AFLP-Markern und klonierten YAC-Enden (chromosome walking) gesichtet. Insgesamt wurden 12 YACs mit Insertionen zwischen 40 kb und 330 kb identifiziert. Die aus diesen YACs erstellte physikalische Karte basiert auf chromosome walking-Experimenten und AFLP-fingerprinting-Versuchen. Ein zusammenhängender contig aller 12 YACs konnte nicht erstellt werden. Vier Klone konnten nicht in Verbindung mit anderen Klonen gebracht werden. Die verbleibenden acht YACs wurden zu drei contigs zusammengefügt, die Längen zwischen 200 kb und 400 kb aufweisen. Die gesamte physikalische Karte ist ca. 2 Mb lang und überspannt eine genetische Distanz von 5 cM. Ob einer der contigs das Schossgen überspannt konnte abschließend nicht geklärt werden. Eine Zuckerrüben-BAC-Bank wurde erstellt, die aus 57.600 Klonen mit einer durchschnittlichen Insertionsgröße von 114 kb besteht. Damit spiegelt die BAC-Bank 8,7 Genomäquivalente wider. Die Klonierung erfolgte mit HindIII in den Vektor pBeloBAC11. Der Anteil von Klonen mit mitochondrialer und plastidärer DNA liegt bei unter einem Prozent. Der Anteil insertionsloser Klone liegt bei 2,1 %