İzmir Körfezi'nden biyolüminesen bakterilerin izolasyonu, fenotipik ve moleküler karakterizasyonu

Bu çalışmada, İzmir Körfezi’nin biyolüminesen bakteri çeşitliliğini belirlemek amacıyla 15 farklı istasyondan (0-10 metre; iç, orta ve dış körfez) belirli zamanlarda deniz suyu ve sediment örnekleri alınmıştır. Deniz canlılarından biyolüminesen bakterilerin izolasyonu amacıyla ise İzmir Dış Körfezi’nde bulunan Foça-Uzunada arası (67 metre), Uzunada (50-55 metre), Uzunada-Gediz arası (42-44 metre) ve Gülbahçe Körfezi (50-55 metre) örnekleme noktaları olarak belirlenmiş ve bu bölgede bulunan balık ve mürekkep balığı örnekleri alınmıştır. İzolasyon sonrasında 51 biyolüminesen izolat elde edilmiştir. Biyolüminesen özellikli izolatların fenotipik tanılamalarını yapmak amacıyla, koloni morfolojisi, pigmentasyon, çeşitli sıcaklık dereceleri ve farklı NaCl konsantrasyonlarında üreme özellikleri gibi kültürel karakteristikleri, mikroskobik özellikleri, birçok enzim aktivitesini, çeşitli karbon ve azot kaynaklarını kullanma kapasitelerini ve Thiosulphate Citrate Bile Salts Sucrose Agar (TCBS) ortamında üreme özelliklerini içeren biyokimyasal karakteristikleri; biyofilm oluşturma yetenekleri ve 14 farklı antibiyotiğe ve 2 farklı konsantrasyonda vibriostat 0/129 ajanına karşı direnç profilleri belirlenmiştir. Moleküler tanılama aşamasında türe-özgü PCR’ları ve 16S rRNA PCR’ları gerçekleştirilmiş ve baz sırasının belirlenmesiyle tür tanıları yapılmıştır. En son aşama olarak aynı türe ait suşların genetiksel ilişkisinin ortaya çıkarılması amacıyla pulsed-field jel elektroforez (PFGE) tekniği kullanılmış ve yakınlıklar belirlenmiştir. Çalışmanın sonucunda, deniz suyundan 9, sediment örneklerinden 9 ve deniz canlısı örneklerinden 33 biyolüminesen izolat elde edilmiş ve yapılan fenotipik testlerde, hepsinin gram negatif, hareketli, spor oluşturmayan, oksidaz ve katalaz pozitif türler olduğu tespit edilmiştir. Su farkına bağlı olarak yapılan diğer fenotipik ve biyokimyasal denemelerde farklı sonuçlar elde edilmiştir. Su , ortam ve inkübasyon süresinin farkına bağlı olarak oluşturulan biyofilm miktarında da değişkenlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca tüm izolatların vibriostat 0/129 (150 μg)’a karşı duyarlı olduğu ve genel olarak birçok biyolüminesen suşun novobiosin ve amikasine karşı dirençli iken siprofloksasin, imipenem, kloramfenikol ve tetrasikline karşı tüm suşların oldukça duyarlı olduğu bulunmuştur. Genel olarak tüm biyolüminesen suşların ekstrasellüler enzim aktivitelerinin (proetaz, jelatinaz, amilaz, lipaz ve esteraz) oldukça fazla olduğu tespit edilmiştir. 16S rRNA baz sırasının belirlenmesi neticesinde biyolüminesen türlerin 20’sinin Vibrio gigantis, 11’nin Shewanella woodyi, 4’ünün Vibrio harveyi, 3’ünün Vibrio crassostreae, 4’ünün Aliivibrio fischeri, 3’ünün Vibrio azureus, 2’sinin Vibrio orientalis, 2’sinin Aliivibrio logei, 1’inin Vibrio lentus ve 1’inin de Photobacterium kishitanii türü olduğu tespit edilmiştir. Oluşturulan PFGE dendogramlarına bağlı olarak türler arasındaki atasal benzerlikler, V.gigantis türlerinde %70-94, S.woodyi türlerinde %67-%89, V.harveyi türlerinde %65-83 ve diğer tanılanan Vibrio ve Aliivibrio türlerinde %69-%97 arasında değişiklik göstermiştir. Bu çalışma Türkiye’de bu konudaki ilk veriler olması açısından önem arz etmektedir