Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment

Contents 1 Introduction 1 1.1 Preliminaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.3 Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2 Analysis of Differences: Sequence Alignment 7 2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2 Global Sequence Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2.2.1 Pairwise Sequence Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2.2.2 Multiple Sequence Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 2.3 Alignment Scores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 2.3.1 Single Letter Substitutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 2.3.2 Pairwise Alignment Score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.3.3 Multiple Sequence Alignment Score . . . . . . . . . . . . . . . 18 2.4 The Problem . . . . . . . . .