Data Management for a Class of Iterative Computations on Distributed Memory MIMD Systems

This paper discusses data management techniques for mapping a large data space onto the memory hierarchy of a distributed memory MIMD system. Experimental results for structural biology computations using the Molecular Replacement Method are presented. Work supported in part by the NSF under grants CCR-9119388 and BIR-9301210. Contents 1 Introduction 3 2 The Physical Problem 4 3 Data Management 8 3.1 Basic Concepts : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 9 3.2 Data Management Techniques : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 13 3.3 Lookahead techniques for reducing the number of DAU faults : : : : : : : : : 14 4 Measurements 17 4.1 A comparison of the data management schemes : : : : : : : : : : : : : : : : 18 4.2 The effect of the lookahead technique on DAU fault reduction : : : : : : : : : 24 5 The relationship between the execution time and the problem size 27 6 Conclusions 29 1 Introduction Some of the applications generically lab..