Rose: Generating Sequence Families

2 2 Introduction 3 3 Systems and Methods 5 4 Algorithm 6 4.1 The Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 4.2 The Root Sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.3 The Mutation Guide Tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.3.1 Adjusting the Edge Lengths . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.4 Creation of Child Sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 4.5 Sequence Motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.6 Creation of Indels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 5 Implementation 13 5.1 Input/Output formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 5.2 Resource Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 5.3 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 5.3.1 A Protein Sequence Family . . . . . . . . . . . . . . . . 14 5.3.2 A Simple DNA Sequence Family with Motif . . . . . . . 14 5.3.3 A Protein Sequence Family with Varying..