Lýsing nýrra bakteríustofna af íslenskum sjávarmiðum

Markmið þessa verkefnis var að lýsa þremur nýjum bakteríustofnum sem höfðu áður verið einangraðir, hjá Matís úr sýnum teknum á Íslenskum sjávarmiðum sumarið 2012 sem hluti af samvinnuverkefninu MaCuMBA. Þessir stofnar urðu fyrir valinu eftir að hluti 16S rRNA gens þeirra hafði verið raðgreindur og sýnt að um stofna sem ekki hefði verið lýst áður var að ræða. Á þeim þremur mánuðum sem verkefnið varði voru stofnarnir skoðaðir í smásjá og fylgst með útliti þeirra auk þess sem svipgerð stofnanna var skoðuð með gram litun og með mælingum á vexti við mismunandi vaxtarskilyrða (hitastig, pH, seltustig) og einnig var athugaðir hvaða kolefnis og orkugjafar voru nýttir. Allir reyndust stofnarnir vaxa betur eftir því sem hitastig var hækkað, vera viðkvæmir fyrir breytingum á sýrustigi og vaxa best við hlutlaust sýrustig og vaxa best í æti með seltustig um 2% NaCl. Því miður voru niðurstöður fyrir vöxt með mismunandi kolefnis- og orkugjöfum ekki marktækar og átti það sama við um prófanir á þoli stofnanna gegn fúkkalyfjum. Upp komu vandamál með að fá bakteríurnar til að vaxa auk þess sem að allur vöxtur tók lengri tíma en áætlað hafði verið í upphafi, þannig að þegar ljóst var að þessar mælingar höfðu ekki tekist gafst því miður ekki tími til að endurtaka þær. Í upphafi var stefnt á að heilraðgreina 16S rRNA genið fyrir alla stofnana. Þegar þessi ritgerð er skrifuð er heilraðgreiningin enn í gangi en niðurstöður fyrir hluta gensins liggja fyrir og hafa verið greindar. Þær staðfesta að um þrjá stofna sem ekki hefur verið lýst áður er að ræða en 16S rRNA gen þeirra hafði verið greint í umhverfi án þess að rækta stofnanna.The main objective of this research was to characterise three bacteria strains that had previously been isolated at Matís from Icelandic sea waters as a part of a collaborative project called MaCuMBA. These strains were chosen after the partial 16S rRNA was sequenced. Over the three months period the project took morphological observations were made and the bacteria phenotypes were observed with gram staining and the effect of different growth parameters (temperature, pH and salinity concentration) and it was also observed which carbon and energy sources were used. All of the strains turned out to prefer higher temperatures than in situ, be sensitive to change in acidity and prefer neutral pH and grow best in medium containing around 2% NaCl. The results for growth with different carbon and energy sources were inconclusive, as were results for antibiotic susceptibility. This was due to problems encountered with getting the strains to grow and the fact the strains growth took longer than anticipated so when the growth failed for those measurement it was not possible to repeat them. In the beginning, I set out to sequencing the whole 16S rRNA gene of each strain. The sequencing is ongoing when this thesis are being written but a part of each gene has been successfully sequenced and the results have confirmed that those are indeed three new strains that have never before described before but their 16S rRNA has been found in the nature before but not cultivated