Povijesno se Porezna uprava puno puta mijenjala, od 60-ih godina pa sve do danas. Mijenjao se prvenstveno njezin organizacijski dio, što se misli na organe koji čine Poreznu upravu, a onda i način funkcioniranja. Od uspostave Porezne uprave, kao organizacije u sklopu Ministarstva financija, država je provela reforme za učinkovitiji rad Porezne uprave, od reformi na samom početku rada Porezne uprave do današnjeg Nacionalnog programa reformi koje Republika Hrvatska donosi svake godine od ulaska u Europsku uniju 2013. godine. Porezna uprava danas je modernizirana, učinkovitija i efikasnija u organizacijskom dijelu te u načinu funkcioniranja i obavljanja poslova koji su joj povjereni zakonom