Diet estimation and comparison of fatty acid-based diet modelling methods

Trophic interactions have been a popular research subject among ecologists for decades because understanding the structure of food webs is essential in understanding consumer-resource interactions and complex ecosystems. Consumer diet estimation with biological tracer-based mixing models is an important and recently rapidly developing tool for deciphering aquatic food webs. Bayesian frameworks have been introduced to estimate diets accurately with stable isotope proportions. The low quantity of different stable isotope tracers, however, limits greatly the diet estimation accuracy of complex consumer diets. Therefore, fatty acids have been used as biological tracers to multiply the quantity of tracers in the Bayesian mixing models. Aquatic consumer diet estimation has also been conducted with a numerical optimization method. Daphnia is an important herbivorous zooplankton genus and thus a popular model species to research aquatic food webs. In this thesis I identified the most reliable fatty acid-based diet estimation method by comparing Bayesian methods MixSIR and SIAR conducted with FASTAR, and a numerical method QFASA conducted with QFASAR in R statistical software. These methods were compared with systematic and extensive simulations using an extended version of a previously published Daphnia resource library. MixSIR was the most reliable method. However, the structure of resource library significantly affected the diet estimations, and an upgraded error structure fixing modelling method MixSIAR was published after the testing phase of this thesis. Therefore, I recommend precise construction of the resource library, and the usage of MixSIAR instead of any of the modelling models tested in this thesis.Trofiatasojen välisten vuorovaikutusten tutkiminen on ollut suosittu aihe ekologien keskuudessa jo vuosikymmeniä, koska ravintoverkkojen ymmärtäminen on oleellista kuluttaja-ruokavalio-suhteiden ja monimutkaisten ekosysteemien tarkastelussa. Kuluttajan ruokavalion arviointi biomarkkereihin perustuvilla sekamalleilla on vesiekosysteemien ravintoverkkojen tärkein ja nopeimmin kehittyvä työkalu. Pysyville isotoopeille on sovellettu Bayesiläisiä metodeja tarkkojen ruokavalioarvioiden selvittämiseksi. Erilaisten pysyvien isotooppien vähäinen määrä on hankaloittanut monimutkaisten ruokavalioiden selvittämistä, joten rasvahappoja on käytetty korvaamaan pysyviä isotooppeja Bayesiläisissä sekamalleissa. Vedessä elävien kuluttajien ruokavalion arviointiin on myös kehitetty numeerinen optimointimetodi. Daphnia on ekologisesti tärkeä ja siten malliorganismina suosittu kasvinsyöjäeläinplanktonsuku. Tässä tutkielmassa selvitin luotettavimman rasvahappopohjaisen ruokavalion mallinnusmetodin vertaamalla FASTAR:lla suoritettuja Bayesiläisiä metodeja, MixSIR:ä ja SIAR:a, sekä QFASAR:lla suoritettua numeerista metodia, QFASA:a, tilasto-ohjelma R:ssä. Vertailussa käytettiin aiemmin julkaistua Daphnia ruokavaliokirjastoa, jota laajensin lisätiedolla, ja jonka avulla loin laajat systemaattiset testit. Testien perusteella MixSIR oli luotettavin mallinnusmetodi, mutta kirjaston rakenne vaikutti merkittävästi testien tuloksiin. Lisäksi uusi, Bayesiläisten mallinnusmetodien virherakenteen korjaava metodi, MixSIAR, julkaistiin tutkielman testivaiheen jälkeen. Tästä syystä suosittelen erityistä huolellisuutta kirjastoa laadittaessa, sekä MixSIAR:n käyttöä tässä tutkielmassa esitettyjen metodien sijaan