Étude de l'entrée du virus du chikungunya et de la réponse de l'hôte à l'infection

Les alphavirus sont un groupe de virus enveloppés à ARN simple brin positif retrouvés sur la totalité du globe et responsables de nombreuses maladies humaines et animales. Durant la dernière décennie, une réémergence du virus du chikungunya (CHIKV) a été observée causant de nombreuses épidémies sur tous les continents. Malgré les nombreuses études, les mécanismes moléculaires de réplication du CHIKV et les interactions hôte-virus restent peu caractérisées. L’objectif de mon travail était de mieux comprendre et caractériser l’entrée du virus du chikungunya et les facteurs de l’hôte impliqués dans la réplication chez les mammifères. Plusieurs approches distinctes ont été utilisées dans ce projet. Dans un premier temps, nous avons mis en avant une diminution de l’infection du CHIKV après un traitement avec du fer sous forme de citrate d’ammonium ferrique et nous avons étudié le rôle potentiel dans l’entrée virale de NRAMP2 et TFRC, deux protéines impliquées dans le transport cellulaire du fer et connus comme récepteurs d’entrée de plusieurs virus. D’autre part, nous nous sommes intéressés à deux autres protéines, CD46 et TM9SF2, identifiés à travers un criblage par ARNi réalisé en collaboration, dans le but de déterminer si elles sont utilisées comme facteurs d’entrée par le virus du chikungunya. Dans un dernier axe, nous avons mis en place et réaliser un criblage perte de fonction sur le génome entier en utilisant la technologie CRISPR/Cas9 afin d’identifier des facteurs de l’hôte importants pour l’entrée du CHIKV, sa réplication ou la mort viro-induite. Bien qu’il soit apparu que l’approche utilisée pour le criblage devrait être optimisée, nous avons pu identifier des candidats potentiellement nécessaires pour l’infection par le CHIKV. Ces candidats sont testés individuellement afin de confirmer leur implication dans la biologie du virusAlphaviruses are a group of enveloped, positive-sense RNA viruses which are distributed almost worldwide and are responsible for a considerable number of human and animal diseases. Among these viruses, the Chikungunya virus (CHIKV) has recently re-emerged and caused several outbreaks on all continents in the past decade. Despite many studies, molecular mechanisms of chikungunya virus replication and virus-host interactions remain poorly understood. The aim of my project was to better understand and characterize the CHIKV entry and the host factors involved during replication steps in mammals. Several different approaches have been used in this work. As a first step, we have demonstrated a decrease of CHIKV infection after iron treatment in form of ferric ammonium citrate and we have studied the potential role in viral entry of NRAMP2 and TFRC, two proteins involved in iron transport and known receptors for other viruses. On the other hand, we have also focused on two proteins, CD46 and TM9SF2, identified through an RNAi screen in collaboration, in order to determine if they are required as entry factors for chikungunya virus. In a last axis, we have set up and carried out a genome-wide loss of function screen with the CRISPR/Cas9 technology in order to identify host factors important for chikungunya virus entry, replication or virus-induced cell death. Although it appears that screen conditions should be optimized, we have identified potential candidates required for CHIKV infection and we are currently testing the