Galvijų Didysis prieskrandis ir Epimural žarnyno microbiome analizė naudojant kitą karta sekos

Gut microbiota plays an important role in digestion in ruminant animals by breaking down the feed into energy. Rumen is the largest reservoir in a bovine’s digestive system harboring millions of microbiomes like Bacteria, Fungi, Ciliate Protozoa and Archaea. The epimural layer which remains in a direct contact with the ruminal fluid and due the solid surface, there is a large microbial flora found on it. Previous studies have examined rumen content for better understanding of the methanogens and bacteria, but there is little research on the microbiome of epimural layer. Understanding microbial ecology in rumen and epimural is essential for reasons like feed systems and to improve livestock productivity. This study focuses on identifying various bacterial communities in rumen content and epimural layer. The rumen samples from eight cannulated cows were subjected to metagenomic analysis, and the primers that targeted the specific variable region of the bacterial 16S rRNA gene were used. The amplified 16S rRNA regions were sequenced using Next Generation Sequencing. Sequences were analyzed using microbiome analyzing pipeline. The rumen content samples showed larger number of operational taxonomic units (OTU) as compared to the epimural. Though the rumen shows larger OTUs, the epimural consist of more diversity but the OTUs are in a lesser quantity. The overall conclusion is the larger microbial profile found in both rumen liquid and the epimural layer of the rumen shows two prominent Phyla Bacteroidetes and Firmicutes with one genus Prevotella and Butyrivibrio respectively.Žarnyno mikrofloros vaidina svarbų vaidmenį virškinimo atrajojančių gyvūnų skaidyti į energijos kanalą. Didysis prieskrandis yra didžiausias tvenkinys yra galvijų virškinimo sistema slėpimas milijonus microbiomes pvz., bakterijų, grybelių, pirmuonių Ciliate ir Archaea. Ir epimural sluoksnis lieka per tiesioginį sąlytį su skrandžio skysčio ir kieto paviršiaus, yra didelis mikrobinė flora, rasti ją. Ankstesnių tyrimų buvo ištirta prieskrandžio turinio siekiant geriau suvokti methanogens ir bakterijų, tačiau yra mažai mokslinių tyrimų microbiome epimural sluoksnis. Suprasti mikrobų ekologijos Didysis prieskrandis ir epimural yra esminių priežasčių, pavyzdžiui, tiekimo sistemos ir pagerinti gyvulių produktyvumo. Šis tyrimas skirtas nustatyti įvairių bakterijų bendruomenių prieskrandžio turinio ir epimural sluoksnyje.Aštuoni cannulated karvių prieskrandžio mėginius buvo atlikti metagenomic analizę, ir buvo naudojami gruntai, kuri skirta konkretaus kintamojo regiono bakterijų 16S rRNR geno. Papildyta 16S rRNR regionuose buvo įvertintas kitą karta sekos. Sekų analizuojami microbiome analizuoti vamzdyno. Prieskrandžio turinio mėginiai parodė didesnį skaičių veiklos taksonominius vienetus (OTU) palyginti su epimural. Nors Didysis prieskrandis rodo didesnį OTUs, su epimural sudaro daugiau įvairovės, tačiau į OTUs yra mažesnio kiekio. Bendroji išvada būtų didesnės mikrobų profilio randama tiek prieskrandžio skystis ir epimural sluoksnis prieskrandžio rodo dviejų garsių Phyla Bacteroidetes ir Firmicutes su vienos genties Prevotella ir Butyrivibrio atitinkamai.Gamtos mokslų fakulteta