Fitoplasmi associati alla Flavescenza dorata: implicazioni epidemiologiche correlate alla presenza di varianti molecolari

La Flavescenza dorata (FD) è una devastante malattia della vite diffusa in molti paesi europei. La variabilità genetica dei ceppi presenti in Italia e in Francia è stata studiata mediante l’analisi RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphysm) condotta sul gene 16S e sulla contigua regione spaziatrice, su un frammento dell’operone delle proteine ribosomiche codificante la proteina rpS3, e sul gene codificante la traslocasi secY. Il sequenziamento e l’analisi filogenetica hanno delineato la presenza di diverse isoforme molecolari di FD (1). Ci sono segnalazioni della presenza di questa malattia sia in regioni dove essa è in fase epidemica sia in aree dove non è mai stata segnalata; è stato quindi intrapreso uno studio per individuare la variabilità delle popolazioni di FD e la possibile correlazione tra variabilità genetica e epidemiologia della malattia. A questo scopo sono stati analizzati 15 isolati di FD provenienti da 4 differenti regioni viticole Europee: Italia, Francia, Spagna e Serbia. L’analisi RFLP condotta sull’amplificato comprensivo di gene 16S e regione spaziatrice (circa 1,8 kb) con gli enzimi TruI e TaqI ha permesso di individuare 3 differenti profili di restrizione in estratti da piante di vite; l’analisi RFLP condotta con 4 diversi enzimi sul gene secY (1,1 kb) ha delineato 7 differenti patterns di restrizione, mentre la stessa analisi condotta con due endonucleasi sul gene rps3 (950 bp) ha permesso di individuare 8 differenti tipologie di profili di restrizione. L’analisi RFLP effettuata integrando i risultati ottenuti sulle diverse porzioni genomiche analizzate, permette di individuare 16 differenti varianti molecolari di fitoplasmi appartenenti al gruppo 16SrV: 5 di essi appartengono ai ceppi di controllo impiegati nell’analisi e non provenienti da piante di vite, 3 non possono essere associati a FD in quanto appartengono al sottogruppo ribosomico 16SrV-A (Candidatus Phytoplasma ulmi) non trasmissibile mediante Scaphoideus titanus Ball. Tra i rimanenti estratti da vite è invece stato possibile distinguere 6 varianti molecolari di fitoplasmi nell’ambito del sottogruppo ribosomico 16SrV-C (Candidatus Phytoplasma vitis)e solo una nell’ambito del sottogruppo ribosomico 16SrV-D (Ca. Phytoplasma vitis) i cui fitoplasmi sono gli unici ad essere associati a forme di FD in fase epidemica in Italia e in Francia. Tra le isoforme molecolari appartenenti al sottogruppo ribosomico 16SrV-C solo quelli individuati in piante di vite provenienti da Piemonte, Lombardia e Liguria risultano geneticamente non differenziabili sulla base delle porzioni genomiche analizzate ed in fase epidemica nelle corrispondenti aree di ritrovamento. Al contrario altri isolati come quelli individuati in Veneto (VR32), in Emilia Romagna occidentale (PC4) e in Toscana (MS) sembrano non avere la capacità di determinare una epidemia dal momento che sono stati rinvenuti in singoli campioni o comunque in un piccolo numero di piante. La variante molecolare individuata in qualche pianta in Veneto (TV54) risulta molecolarmente indistinguibile da quella individuata in Serbia, ma solo in questo ultimo caso la malattia può definirsi in fase epidemica. Un risultato interessante può essere considerata l’individuazione di due diverse varianti molecolari di fitoplasmi associati a giallume dell’olmo (16SrV-A) mai prima d’ora rintracciati in piante di vite e chiaramente distinguibili dagli isolati 16SrV-A europei e americani. Il clonaggio di ampliconi relativi alle porzioni genomiche rpS3 e SecY di alcuni isolati di fitoplasmi ritenuti particolarmente interessanti e appartenenti ai sottogruppi ribosomici 16SrV-C e 16SrV-D ha mostrato la presenza di ulteriore variabilità che però può essere intesa come eterogeneità di popolazione di fitoplasmi all’interno di una stessa pianta (2,3); l’analisi di questa eterogeneità di popolazione potrebbe spiegare come fitoplasmi associati ad FD siano in grado di colonizzare nuovi contesti ambientali e dare luogo a nuove ep..